商周祚，初名国祚，字明兼，号等轩，浙江绍兴府会稽县八字桥（今浙江省绍兴市越城区）人，祖籍樊江（今柯桥区），明朝末年官员。

商氏先世居河南，靖康之变后南都至浙江嵊县继锦乡，再迁会稽县樊江（今浙江省绍兴市柯桥区），遂久居于此。嘉靖年间，迁居八字桥（今越城区内）。商周祚为状元、内阁首辅商辂七世族孙；曾祖父商廷试，少出继舅氏，冒姓谢，中进士，已而舅氏有子，复本姓官至陕西行太仆寺卿；祖父商为正，廷试长子，由进士官至大理寺左少卿；父商维河，为正次子，生员。万历四年（1576年）五月中旬，弟商周初出生。

商周祚初名国祚，五经治《诗经》。万历二十一年（1593年）四月，父商维河去世，年仅三十九岁。万历二十五年（1697年），以县学附学生身份与族父商之彝一同中浙江乡试，商周祚位列第28名。万历二十九年（1601年），中会试第3名（会魁），改名周祚；本年殿试位列三甲第291名，观政都察院。万历三十年（1602年）九月，祖父商为正去世，享年七十六岁。十月，授福建邵武县知县。在任期间，商周祚均衡分摊乡里的徭役，公正裁决疑难案件，严惩利用包捞税收营私舞弊的贪官。有一次县衙道遇火灾，监狱中的因犯即便身处故开的半门也不原逃走，纷纷表示。“我们不忍心辜负贤明的县令。“万历三十二年（1605年）十月上旬，三女商景兰出生。万历三十四年（1606年），担任福建乡试同考官。

万历三十六年（1608年）五月，拟授礼部主事。行取，万历四十年（1612年）十月，授户科给事中。十一月初，上疏请明神宗广纳谏言。十一月中旬，上疏建议不应让年老体衰及偏好隐逸者担任要职。闰十一月中旬，上疏建议通过裁汰冗官、清理冗费（特别是禁卫冒滥和宦官贪腐）来节省开支，充实国库。月末，在韩敬科场舞弊案中，商周祚与其同为浙江人，有意袒护，因事起知贡举礼部待部吴道南的揭发，怪罪之，御史马孟祯则劝阻牵连不宜过大。

万历四十一年（1613年），巡视光禄寺。四月初，上疏功阻明神宗凡事出中旨的做法。五月初，疏请热审并释放长期被关押的满朝荐等人。万历四十二年（1614年）正月中旬，上疏反对大规模折征遭粮，主张根据灾情适度调整折银比例，以维持漕运定额、保障京城粮食安全，避免因仓促改革引发物资短缺和杜会动荡。不报。四月上旬，上疏建议朝廷应尽快落实候补官员的任命、加速完成考选程序，并统一京官与外官的晋升标准，避免拖延和区别对待，以确保官员选拔的公平与效率。不报。本年，商周祚前往徽王府主持册封。

万历四十三年（1615年），巡视皇城。五月未，疏奏四项整饬宫廷守卫的建议：专设管理官员、禁止宫内市场、清理私自占用、增加近侍人员。八月上旬，上奏：严令刑部缉拿万历四十年顺天乡试科场案关键证人李师靖到案；呼吁明神宗尽早裁决韩敬科场舞弊案；批评阁臣怠政。九月末，陕西三原县人马朝陵因心怀愤懑闯入宫禁喊冤，为守卫所执，商周祚上报之。上拟从轻戴枷示众。十月下旬，盗贼入宫门抢劫太监，官军不报，商周祚等上疏建议严惩宫禁失职官兵、全力缉拿盗匪，并加强宦官管理，禁止闲杂人员出入禁地。

万历四十四年（1616年），巡青。三月未，上疏建议立即动用内库银两补充边饷缺口，尽快任命户部仓场待郎等职位以分担财政压力，并紧急启用总河大臣解决漕运梗阻问题。不报。八月初，上疏痛陈当前官员选拔制度严重滞缓，从“随取随考”蜕变为耗时数年才能任命的冗繁流程，导致大量官员长期滞留候任，吏治陷入僵局。不报。本年担任会试同考官，魏大中、朱大典、练国事等人均出其门。万历四十五年（1617年）三月下旬，上疏请蠲免顺天府、永平府的过路税和落地税。留中。六月上旬，随丰城侯李承祚前往韩王府册封韩敬王朱亶𡺊妃慕容氏。

万历四十六年（1618年）十一月下旬，升太仆寺添注少卿。本年，弟商周初中举人，时年四十三岁。泰昌元年（1620年）十二月未，升右佥都御史，巡抚福建，进阶中议大夫、赞治尹。天启二年（1622年）正月初，上疏弹劾候补光禄寺署丞林世卿借募兵之名扰乱海防、企图操纵兵权。皇帝下令厂卫将其递情治罪。十月中旬，上疏为因争国本而罢官的已故原给事中福建同安县人李献可请䘏典。章下有司。

荷兰人早年通过东南亚中介与中国间接资易，后勾结奸民潘秀强占澎湖岛要求直接通商，遭明军击退后流密闺粤沿海，屡败屡犯，最后盘踞澎湖筑城固守。商周祚上任后，畏惧生事，便劝说荷兰人：“若肯毁城远迁，便准许互通贸易。“荷兰人听从要求，天启三年（1623年）拆除城堡移船离去。商周祚将荷兰人“遵谕远徙”的情况上奏朝廷，但事实上他们占据台湾的行为丝毫未变。本年，商周祚因与首辅叶向高不合被调往南京。

天启五年（1625年）六月下旬，因御史崔呈秀荐，以南京兵部右侍部兼右佥都御史身份总督两广。天启六年（1626年）八月下旬，进献红夷大炮10门。先前万历末，荷兰船只沉没，其中32门炮已押送进京，尚存10门留存当地。十二月下旬，加南京工部尚书衔。天启七年（1627年）正月下旬，奏请裁撤广西左江地区衰弱的参将职位，改设守备官以强化边防。三月未，上疏反对通过追缴公费、裁减役饷和增设杂税等方式等措辽饷，认为这些措施名目虽佳实则扰民。下部议覆。

崇祯元年（1628年）三月初，升南京兵部尚书；不久请终养老母，告归。本年，弟商周初中进士，年已五十三岁。

崇祯十年（1637年）闰四月初，起官左都御史。十一月中旬，上疏建议改革御史派差制度，在保留如京畿巡按等核心要职需资深官员担任的前提下，打破“中差”“大差”的僵化轮序和地域限制，推行“新旧交替、按资注派”的灵活机制，以解决人手不足与差务繁重的矛盾。上从之。十二月中旬，上奏提出巡察官员应落实的四项职责：巩固民心、整顿边防、审慎处理钦案赃物、禁止军营中的私委职务。上从之。

崇祯十一年（1638年）五月初，调任吏部尚书。七月上旬，给事中熊维典弹劾商周祚徇私舞弊。商周祚以病辞，不准。崇祯帝平台召对文武大臣，谕示：吏部尚书商周祚在会推阁臣中涉嫌滥权徇私。商周祚引咎。御史李云鸿论铨法积病：尚书商周祚鉴前败，惟持庸局待放。周祚引疾不许。。十月中旬，上疏请让孙传庭从率军东出潼关主动迎敌；同时调任山东巡抚颜继祖移防德州。上从之。当时苏州府推官周之夔因私怨诬告娄东张溥、张采，严查复社，几乎引发大案，商周祚竭力持正调解，此事方得平息。十二月上旬，商周祚以徇私渎职的罪名被削籍为民。崇祯十二年（1639年）九月下旬，弟商周初去世于湖广常镇兵备道参议任上，享年六十四岁。

崇祯十七年（1644年）八月末，南明弘光政权御史左光先上疏弘光帝请求慰问前大学士钱士升、吏部尚书商周祚。上从之。弘光元年（1645年）六月，杭州府陷落，贝勒博洛聘用商周祚。不久，鲁王朱以海举兵抗清，义兴伯郑遵谦招揽商周祚议事。监国鲁元年（1646年）五月末，绍兴府陷落，商周祚隐居而终。

会稽人陈弘先，甚聪颖，年九岁补生员，有“小秀才”之称，又孝友笃行。商周祚敬之，邀请其来自家担任老师。甲申之变事闻，忧愤数日去世。

商周祚著有《国朝武机捷录》三卷，门人余思雅作注，日本内阁文库、日本山口大学有公开电子影像可阅览，开封市图书馆也有藏本。

商周祚墓地在浙江省绍兴县兰亭镇联合村商家山，其墓地在文革前还保存完好，规模极大，墓前有一甬道，一个墓道牌坊，两侧摆放着石人、石马、石虎、石羊、石狮各一对。可惜墓葬不幸毁于文革。

商振伦《商文毅公年谱·卷四 附纪 七世孙商周祚》

王元臣等《（康熙）会稽县志·卷二十三 人物志二 列传后 商周祚》

钱海岳《南明史·卷八十七 列传第六十三 商周祚传》