近交系数是遗传学中量化个体基因同源性的核心参数，定义为二倍体生物个体任何位点上两个等位基因源自共同祖先同一基因的概率。其计算基于共同祖先代数（n）建立通径链模型，典型场景中半同胞、全同胞交配后代的近交系数分别为12.5%和25%。该指标在实验动物育种中具有规范意义，要求连续20代全同胞交配的近交系动物近交系数＞99%，以保障遗传纯度和科研可重复性。理论层面与遗传分化、近交衰退等生物学现象直接关联，实践层面支撑着肿瘤模型构建、免疫学研究等生物医学应用。

近交系数升高直接导致群体遗传结构改变：

近交系数在生物医学研究中具有质量控制作用：

群体中个体的平均近交系数为f时，而群体中杂合体的频率要比按温伯-哈代定律预期的f的比率低。以人为例，近亲婚姻所生子女的近交系数，表兄弟姐妹结婚的为1/16，半表兄弟姐妹结婚的为1/32，从表兄弟姐妹结婚的为1/64。

如等位基因a的频率为p，等位基因A的频率为q，则子代基因型AA频率为(1-f)*q^2+q*f，基因型aa频率为(1-f)*p^2+p*f，基因型Aa频率为(1-f)*2*p*q，其余以此类推。