清算所是为金融交易提供结算服务的机构，主要承担交易双方的清算职责，通过保证金制度、盯市制度等管理交易风险。其形式包括交易所附属部门、独立机构，以及为多个交易所服务的综合清算机构。部分清算所采用会员制，会员需满足财务标准并通过清算会员进行结算。美国内战前已有银行联合设立的清算所机构，1974年法国CLAM清算所因保证金制度缺陷和决策失误破产，暴露集中持仓风险。2009年中国成立上海清算所，为银行间市场提供中央对手清算服务。2021年海南国际清算所成立，开展大宗商品掉期清算及现货清算业务，连接现货与期货市场。全球呈现交易所与清算机构整合趋势，形成垂直、平行及混合清算模式。中国人民银行清算总中心运营的支付系统覆盖国内15万余家金融机构，2024年处理金额达9347.17万亿元。

有些清算所是交易所的一个重要部门(如芝加哥商业交易所CME和纽约商业交易所NYMEX)，有些清算所则是在组织机构、财务体系、运行制度等方面独立于交易所的机构(如芝加哥期货交易所CBOT)。

大部分的清算所都是各自独立的机构，但也有几个不同交易所共同使用一个清算机构的情况，如国际商品清算所(ICCH)负责清算大部分英国期货交易所，市场间清算公司(The Intermartet Clearing Corp)则替纽约期货交易所(NYFE)与费城交易所(PBOT)清算。

和交易所一样，清算所通常是个非营利性的会员组织。清算所的会员通常都是依附于交易所的会员，除了拥有交易所的一般会员席位外，还要通过比一般会员更严格的财务指标规定。所以，期货交易所的会员分为清算会员和非清算会员，非清算会员要通过清算会员进行清算，并支付一定的佣金费用。 我国的期货交易所有组织、监督期货结算的职能，交易所下设结算部作为承担期货结算职责的机构。全球证券市场、期货市场整合的趋势之一便是交易所和清算机构间日益增多的合并案例。