1938年10月，
福建省政府将建瓯县北区的星会乡、安乐乡6个里划出，设立水吉特种区并直接管辖。1940年10月经
国民政府批准，升格为水吉县建制，隶属第三行政督察区（驻浦城县）。1949年9月中华人民共和国成立后，划归建阳专区管辖。
1956年3月建阳专区撤销并入南平专区，同年9月水吉县撤销后其行政区域大部分划入建阳县。原辖区分割方案为：47个乡并入建阳县，11个乡划入建瓯县，2个乡归属浦城县。此次调整后，水吉镇作为原县治所在地归建阳县管辖。
1940年建县初期设置复兴镇、水湖乡等3镇11乡，至1948年行政区划调整为1镇（复兴镇）及水湖乡、大庙乡等下辖11个乡镇。1950年代行政区划调整后，县域面积约1800平方公里，包含今
建阳区水吉镇、
漳墩镇及
回龙乡大部分区域。
县域地理特征以丘陵地貌为主，
南浦溪贯穿全境形成河谷盆地。作为闽北地区水陆交通节点，县内设有多个码头和古道驿站。
建窑遗址位于今建阳区水吉镇后井村，为宋代八大名窑之一。遗址分布面积约12.6万平方米，已发现长达135.6米的龙窑遗迹，出土文物以黑釉瓷器（建盏）著称。2013年被国务院核定公布为第七批全国重点文物保护单位。