指挥使司是清代在少数民族地区设置的武职土司机构，主要分布于甘肃、青海、云南等省份。该机构长官为土指挥使（正三品），下设指挥同知（从三品）、指挥佥事（正四品）等职，形成七等品秩体系。其行政隶属陕甘总督、云贵总督等地方大员，负责管理辖地土兵事务。清代通过《大清会典》明确其承袭规则与军事职能，构成边疆治理体系的重要环节。

作为清代武职土司的核心机构，指挥使司直接隶属兵部管辖，与宣慰使司、宣抚使司共同构成武职土司体系。顺治元年沿袭明代卫所旧制初设，次年废止冗余职位后确立清代特有的土司建制。其职能集中于土兵征调、地方防务及辖区治安管理，形成与文职土司并行的边疆治理架构。

甘肃地区设有五处指挥使司：平番县连城、大营湾、古城各一，河州韩家集与狄道州临洮卫各一。青海境内的三处分别管辖南川、寄彦才沟和北川，而云南普洱府孟艮、整欠各设一处。职官层级包括：

清代通过法典明确其品秩制度，规定指挥使司官职需经中央考核后才可承袭。乾隆三十五年（1770年）《大清会典》制定土司贡赋细则，要求定期缴纳军粮马匹。该机构具有双重属性：

凉山地区的河东长官司遗址显示，其衙署建筑采用明代卫所规制，印证指挥使司在实际运作中融合了汉地军事管理制度与土司传统治理模式。雍正改土归流期间，云南部分指挥使司被裁撤，存续者需定期向云贵总督呈报防务。

康熙十九年（1680年）清廷整顿土司体系，将指挥使司纳入全国统一的武职官制序列。乾隆年间针对青海地区的建制调整，新增南川等三处指挥使司。光绪二十七年（1901年）推行新政时，甘肃部分指挥使司改编为巡防营，但仍保留土司职衔至清朝灭亡。该机构在维护边疆稳定方面发挥重要作用，其消亡标志着传统土司制度的终结。