在
减数分裂阶段，来自同一祖先的染色体通过交叉互换后分配到不同配子中，当这些携带同源等位基因的雌雄配子结合时，即形成同合子。
在育种实践中，连续多代选择同合子可固定目标性状。但需注意避免
近交衰退，2022年研究显示过度依赖同合子可能使种群杂合度下降。
某些隐性遗传病在同合子个体中的发病率显著提高。典型案例如
囊性纤维化。
纯合子强调
等位基因的相同性，可能源自不同祖先；而同合子要求基因必须来自同一祖先，例如两个分别源自祖父和祖母的相同等位基因构成纯合子但非同合子。
自体受精可能产生同合子，但
异花授粉植物也可形成同合子。关键区别在于基因来源而非生殖方式。