南港水道全称长江口南港水道，介于长兴岛、横沙岛与南岸之间，是长江口南支水道的重要分汊。该水道因水流分汊形成九段沙，目前分为南槽和北槽两条航道，其中北槽水道是大中型船舶进出上海港的主要通道，入海口最浅处水深约7米。历史上水道泥沙沉积与潮汐动力相互作用显著，19世纪80年代形成的九段沙改变了其地貌格局。2025年长兴岛南沿开展的堤防工程表明该水道具有海岸防护功能。

南港水道北接长兴岛、横沙岛南岸，南邻横沙浅滩与长江口南岸，处于长江口南支水道下游段。其东端经九段沙分为北槽与南槽两条航道，与北港水道共同构成长江入海的双分汊结构。

1938-1958年测绘数据显示，南港水道泥沙呈现洪季堆积增长、枯季萎缩的周期性特征。19世纪80年代九段沙的形成使南港水道下段发生分汊，涨潮流路径偏向南槽而落潮流集中于北槽，导致九段沙向东南方向扩展。相较1938年，1958年南槽口附近新隐沙发育加速，形成新的浅滩地貌。

作为长江口三级航道体系的核心组成部分，南港水道承担以下航运功能：

2025年1月，上海市人民政府批复长兴岛南沿堤防工程，项目用海面积2.0590公顷，采用非透水构筑物方式建设，设计使用期限33年。该工程位于南港水道北岸，由上海市堤防泵闸建设运行中心实施，建成后将增强长兴岛南侧海岸防护能力。

横沙水道（长兴岛与横沙岛间水域）余流值达30厘米/秒，其动力变化直接影响九段沙的发育速度。南港水道落潮流量占长江口总落潮量的40%-60%，泥沙输运能力与河槽形态存在显著季节性差异。