两江总督，正式官衔为“总督两江等处地方提督军务、粮饷、操江、统辖南河事务”。两江总督是清朝九位封疆大臣之一，总管江苏（含今日上海）、安徽和江西三省的军民政务，正二品，雍正时加兵部尚书或都察院右都御史衔者为从一品。

顺治二年（1645年），南明弘光政权灭亡后，清廷将明代的南京（南直隶）改名为江南省。管理江南省的最高军政长官为总督。清初，江南省总督的名称与辖境更易频繁。清军占领江南伊始，这一职务由明朝降臣、大学士洪承畴兼任，驻江宁府城。不过，清廷当时赋予洪承畴的使命是“招抚南方”，其辖境不仅限于江南一省。因此，洪承畴所任的“总督大学士”之职与后来的两江总督有着较大差别。

顺治四年（1647年），清廷以马国柱为江南江西河南总督，接替洪承畴。顺治六年（1649年）后，河南划归直隶总督管辖，马国柱的官职变为江南江西总督。

顺治九年（1652年），两江总督驻地徙到南昌，称为江西总督。不久，两江总督复驻江宁。

顺治十二年（1655年），又新设江西总督，将原江南江西总督改为江南总督，仅管辖江南一省。

康熙元年（1662年）后，操江事务改由江南总督管理，操江巡抚不再兼理军务，只负责安庆、徽州等地事务，于是改称安徽巡抚。

康熙四年（1665年），江西总督被裁，复设江南江西总督。

康熙六年（1667年），江南省分为江苏、安徽两省，“两江总督”成为江西、江苏、安徽三省的最高统治者。

康熙十三年（1674年），三藩之乱起，江西成为主战场之一，在军事上的重要性陡增，清廷在此增设江西总督。

康熙二十一年（1682年）初，随着战事基本结束，江西总督之职再次被裁，归并入江南总督，为江南江西总督。康熙后期，江南江西总督开始简称为两江总督，其辖境则确定为江南（含江苏、安徽）、江西。故二十一年后，两江总督之名一直沿用，终为定名，并成定制，驻江宁，至清亡再无改变，其衔名为“总督两江等处地方提督军务、粮饷、操江、统辖南河事务”。

雍正元年（1723年），议准各省总督兼衔：川陕总督、两江总督俱授兵部尚书，兼都察院右都御史；其余各省总督，由各部侍郎以及别项官员补授者，俱为兵部右侍郎，兼都察院右副都御史。

乾隆十年（1745年），尹继善出任两江总督，乾隆帝实际上将河工大权交给了两江总督尹继善，江南河道总督白钟山并没有实权。但这只是个案，在制度上并没有规定。

乾隆十四年（1749年），又议准：凡总督，授都察院右都御史衔；河道总督、漕运总督同巡抚，授都察院右副都御史衔，其应否兼兵部尚书、侍郎衔之处，请旨定夺。乾隆时总督皆授宪衔，其兼兵部堂官衔却要请旨定夺，说明此时总督制度渐已形成，总督职责偏重于地方政事，代表中央有监察地方之权已成为封疆大吏了，察吏安民、除暴安良为其主要任务。

乾隆三十年（1765年），两江总督从制度上真正兼管河务。是年，南河总督高晋改任两江总督，南河总督一缺由东河总督李宏出任。但是，李宏曾长期在江南河工效力，先后担任江南河库道、淮徐道等要职，乾隆帝对李宏并不放心。乾隆在上谕中说：“两江总督员缺，着高晋补授。江南河道总督员缺，着李宏调补。向来总河事务两江总督虽有兼辖之名，究非专责。兹李宏甫由监司擢用总河，现在所属道厅，多系旧时同寅，恐难免有瞻徇掣肘之处。高晋久任南河于一切工汛修防，素为谙练。所有南河总河事务，着高晋仍行统理。”这也就明确了两江总督对于河务的职责，“南河归两江总督总理”。同年八月，两江总督高晋奏定《总督总河会办章程》，主要内容有：一、文武官题补题署、咨补咨署，并由河臣主稿，知会督臣商定，然后题咨；一、工程所用钱粮三道，一体详报督臣衙门查考；一、各厅工程，用存料物，各工水势，责成道厅营汛一体通报督臣。通过该章程，两江总督在人事任免、钱粮支核、工程兴造方面对河务进行全面管理。这同以前形式上的“兼管”有着本质差别。该章程的出现与确立，是清代河务管理体制的一大转变。“自此，两江总督兼河务遂为例”，两江总督在河务中的作用更加重要。

嘉庆四年（1799年），两江总督费淳曾上疏请求免去其兼管河务职责。但是，嘉庆帝认为“但河皆该督所辖地方，是河工实该督第一要务。若督臣不兼河务，遇有要工，则河臣呼应不灵。现在邵家坝漫口，合而复开，甚至被火焚毁料物，未必不由于此。所有该省河工，着费淳照旧兼管。会同河臣吴，悉心筹办”费淳的请求未得到批准。不过，朝廷划分了两江总督和河道总督在河道事务上的具体职责。

道光十一年（1831年）起，两江总督兼管两淮盐政。

道光二十二年（1842年），两江总督兼管河务的规定被中止。是年，道光帝任命钦差大臣、广州将军耆英为两江总督。因英军务繁重，道光下令“所有南河修筑事宜，暂且毋庸兼管。俟各省会商事件办理完竣，再行照常兼管”。

道光二十七年（1847年），李星沅任两江总督之后，仍然兼管河务，“以符旧制”直到后来南河总督衙门被裁撤。

道光二十八年（1848年），江南河道总督潘锡恩因病解任，朝廷任命陕西巡抚杨以增为江南河道总督。杨以增到任之前，李星沅以两江总督身份兼署江南河道总督。

咸丰元年（1851年），两江总督陆建瀛出征太平军，战败后南京失守。咸丰三年（1853年）太平天国在江宁定都，并把两江总督府改建为太平天国的宫殿。清廷以怡良为两江总督，命慧成驰赴江南防剿。

咸丰十年（1860年）闰三月，清廷加曾国藩兵部尚书衔，署两江总督。咸丰十一年（1861年）八月，同治帝即位后，太后垂帘听政，加曾国藩太子少保衔，命节制江苏、安徽、江西、浙江四省。

同治三年（1864年），曾国荃率军克复江宁，两江总督再次迁回南京。

同治四年四月二十九日（1865年5月23日），清廷命令曾国藩赴山东督师剿捻，以李鸿章署理两江总督。八月初一(9月20日)，奏请置办上海虹口洋人铁厂机器，与丁日昌、韩殿甲原有的两局，归并为江南制造总局，责成丁日昌督察筹划。

同治五年（1866年），两江总督兼管五口通商事务，授为南洋通商大臣。

同治九年（1870年），开始重建两江总督署，次年落成。同治九年七月二十六日（1870年8月22日），两江总督马新贻在江宁（今南京）赴署右箭道，校阅操练。校阅结束返回署衙时遭刺客行刺，重创胁肋，第二天死去。

光绪二年（1876年），刘坤一调授两江总督。光绪十六年（1891年），清廷再次任命刘坤一为两江总督。重任两江总督以后，刘坤一代表着湘系势力，声望日渐煊赫。在为政上，他表现出了开明务实的态度。一方面，大力整顿军务、吏治，奖励士风；另一方面积极推行洋务新政。任期内积极经办修铁路、开矿、发展农工商等洋务项目，并提倡西学，改革教育。

宣统三年十二月（1912年1月），张勋任末任两江提督，辛亥革命时期张勋被被江浙联军击败，退守徐州，此时的他依旧担任江苏巡抚兼署两江总督。民国成立，孙中山在两江总督府就任临时大总统，至此两江总督宣告终结。

两江地区，即江苏、安徽和江西三省，“包络江淮，控引河海”，兼《禹贡》中古扬州、徐州和豫州三州之地。幅员广大，山川错杂，形胜险要。三省疆界相接，地势相连，互为呼应，以天堑长江为纽带，防守上下呼应，联络声势，形成一个战略防御区。故清廷平定江南后，即在江宁设总督一人。两江总督统管各省地域与明朝时期一致，只是局部调整了府（直隶州）县的行政区域，如江西统辖十三府一直隶州，江苏为八府三直隶州，安徽为八府五直隶州。

两江总督官衔为正二品，雍正时加兵部尚书或都察院右都御史衔者为从一品。清朝总督年收入一百五十五两白银。从雍正时期起，皇帝又特批给督抚们“养廉银”，乾隆十二年（1747年），朝廷定两江总督养廉银为一万八千两。

节制所辖省区巡抚、提督、总兵及这些文武大员及所统绿营兵，是总督军事职权的最高体现，这种节制权及其管辖范围，在嘉庆《大清会典事例》卷470-476《兵部·绿旗营制》中，有非常系统的记载。赋予总督这种节制调动兵马权，目的是加强对这些省区重点进行军事掌控，这也正是沿海之闽浙、两广，沿江之湖广，兼具沿海沿江之两江，及边区之云贵、陕甘等省，联两省或三省而设总督的主要原因。军事职权是总督职掌的核心部分。顺治帝曾指出：“总督、巡抚，责任不同。巡抚专制一省，凡刑名钱谷、民生吏治，皆其职掌；至于总督，乃酌量地方特设，总理军务，节制抚、镇文武诸臣，一切战守机宜，调遣兵马重大事务，当悉心筹画。”雍正帝亦认为：“巡抚统率全省文员，提督统率通省武弁，至于总督，则兼文武而统辖之者。”除负责节制、调动兵马外，总督还要定期与提督、总兵等绿营将领巡阅操练兵丁。如乾隆三十九年（1774年）三月，两江总督高晋自江宁启程首先“前赴上江寿春镇标，并取道六安、颍州、亳州、宿州各营，次第查阅”，后又回至江苏境内视察，“俟阅毕上下两江各标营，再往江西各营抽查”。

除节制巡抚、提督等将领外，两江总督还拥有若干亲自指挥的军队，包括直辖的标下各营与“兼辖”的各部。总督标下各营，俗称“督标”，是直接受总督统辖的部队。两江督标分为中、左二营，均驻江宁府。此外，在绿营军制中，部分协、营保持着一定的独立性，并不直属于总督、提督、总兵等高级将领，而只是受其“兼辖”。两江总督兼辖的各部，在清代各个时期不尽相同。雍正年间，总督兼辖安庆协、游兵营、奇兵营、瓜洲营、潜山营、江宁城守协（含左、右二营）、浦口营、溧阳营、徽州营、宁国营、池州营、芜采营、广德营、掘港营。乾隆后期至嘉庆年间，总督兼辖各部为江宁城守协（含左、右二营）、青山营、奇兵营、浦口营、溧阳营、瓜洲营、京口水师协（含左、右二营）、高资营、扬州营。总的来看，两江总督直辖与兼辖的各支部队主要集中在江宁及附近地区。康熙年间，两江全境绿营兵共计64193名，总督标下经制兵为4820名。嘉庆时期，总督直辖与兼辖各部的兵额为7067名，其中督标二营1243人，而当时仅江南（江苏、安徽）境内绿营军即有55000余人。从兵力数量上看，两江总督亲自指挥的部队，尤其是督标各营所占的比例并不高。但清廷将两江督标定位为机动兵力“为应援通省”，一旦总督辖境中出现警情，就要立即前往增援。故而督标人数虽少，其精锐程度却在三省绿营中首屈一指。在冷兵器时代，骑兵是重要的机动突击力量。雍正年间，江南“通省营制，大概皆马一步九”，即骑兵占总兵力的十分之一，而两江督标则“系马三步七”，骑兵所占比例远高于全省平均水平。

清代总督有单独奏事之权，凡地方重大政务、重要改革，总督可依据地方情形通过奏折咨请皇帝裁决，皇帝通过朱批指示方略于总督，待君臣密商妥善而后付诸实施。有时皇帝也与军机大臣商议，或下发九卿会议，然后以廷寄的方法向总督颁发谕旨，令其执行。

两江总督有文武官员的选任、考绩权之权。各省武官的选任、考绩，是总督的重要专责。清代规定，凡提督、总兵等一二品大员缺出，例由兵部开列后请旨，由皇帝亲自选任。而从二品的副将以下，定有题缺、调缺、推缺等不同缺名，凡划归督抚者，由总督或兼提督之巡抚负责保举、拔补。绿营武官的考绩（军政），也由总督负责。此外，每隔五年，总督还应将副将、参将据其才具优劣分为一二等，密行咨部、具奏一次。乾隆四十二年（1777年）后，这项考察甄别又扩大到总兵一级。文官选任方面，除布政使、按察使等要职为请旨缺，由皇帝亲自选任外，各省道员、知府知县等文职官员，均划定有题、调、补等缺，这些缺的选任，为各省巡抚之责。而总督主要是负责海疆、沿江河等重要区域之缺的选任。地方文官每三年一次的考察（大计），也是由巡抚主持，但在江苏等督抚并设的省份，大计结果须由总督会同巡抚共同确定，并共同具题。

各省的普通刑名案件，例由巡抚办理。而对于武官犯罪的审理、盗贼的缉捕与审讯，则由总督负责。每年的秋审，在安徽等由总督兼辖的省份，由该省巡抚主持，事后将秋审结果报总督核准；而在江苏等督抚同省的省份，则由督抚共同审理。

各省钱粮财务，主要由巡抚办理。总督也参与少量与财务有关的事项，主要包括清查亏空，兵营粮饷事务，以及事关民生的社仓、赈灾、开矿、盐务、鼓铸等。不过，这些事务大多仅具有临时性，而非日常性的例行职掌。

此外，清朝后期，两江总督还承担了一些新的职责。清代在扬州设巡视两淮盐政，差监察御史一员，专管盐务。道光十年（1830年），裁两淮盐政，改由两江总督兼理。咸丰、同治之后，两江总督还兼任南洋通商大臣，掌管中外交涉事务，“专辖上海入长江以上各口，其闽、粤、浙三省兼理焉”。

两江总督兼管漕运。清代在淮安设漕运总督，专管漕运事务。而作为两江总督的辖境，江南是全国漕粮征收的重点地区，大运河又贯穿江苏全境，因此，疏通运河、督催漕船、勘查并开辟漕运新路线、约束粮船旗丁等，皆是两江总督职责的重要部分。

两江总督兼管河道事务。清初曾在济宁设河道总督，负责河工与河务。康熙十六年（1677年）移驻江苏清江浦。雍正年间，将原河道总督改称江南河道总督，简称“南河总督”，又增设河南山东河道总督（简称“河东总督”或“东河总督”）与直隶河道总督（简称“北河总督”，乾隆年间被裁），形成三河督的格局。由于河工事务繁杂，治理难度极大，除河督外的其他地方大员也会参与其事。两江总督所辖的江苏、安徽两省在清代均是黄河流经地，也是治河的重点地区，故在康熙之后，两江总督受命参与河工的频率越来越高。乾隆年间，两江总督兼理河工事务则已经常态化。当时凡有关河务事宜，必须有两江总督等地方大员的参与，乾隆帝才认为可行。两江总督兼任南河总督的情形也十分普遍，以致形成了“南河以两江总督总理”的局面。乾隆以降，两江总督时而“兼管”，时而“协同”，角色不稳，与南河总督之间的关系颇为复杂，二者既有基于共同利益而深入合作的一面，更有权益纷争与对抗。

具体而言，清初顺治年间的3任两江总督马国柱、马鸣珮、郎廷佐均是汉军旗人。这主要是源于满洲统治者奉行的以汉治汉的政策。清朝入关伊始，满人对内地风土人情等大多茫然无知，不具备直接治理地方的能力。而直接启用汉人为地方大员，则很可能留下隐患，不能令清廷完全放心。在此情形下，介于满人与汉人之间的汉军旗人，由于能起到良好的沟通作用，就成为最合适的选择。由此，就出现了清初各省督抚大多出自汉军旗的现象。有学者统计，顺治朝全国被任用为总督者共38人，其中汉军30人；巡抚共113人，其中汉军86人。直到康熙之后，随着战事的基本结束与清廷统治的巩固，汉军旗人原先的沟通作用已不再重要。于是，出身满洲八旗的两江总督才逐渐占据多数。而自道光年间起，清朝国势日衰，危机四伏，最为清廷所信任的旗人阶层却渐趋腐化，鲜有能堪地方重任者，汉人出身的两江总督遂开始大量涌现。尤其是在太平天国战争之后，汉人督抚迅速起。曾国藩、左宗棠、沈葆桢、刘坤一、张之洞等几位晚清著名的两江总督，无一不是汉人出身。

从官员的仕途出身来看，道光之前的历任两江总督，非进士出身者所占比例高达近70%。清代来自旗人，尤其是满洲八旗的两江总督大多数并非出自科举正途。他们往往是通过承袭世职，出任笔帖式、御前侍卫等职，以及捐纳等方式取得进身之阶。这些出任途径大多是旗人享有的特权，即便没有真才实学，也能迅速臻列高位。而汉人总督则大多是科举进士出身，出仕途径远较旗人狭窄。全国旗人数量虽远远少于汉人，但清前期的两江总督却是旗人数倍于汉人。旗人与汉人出任两江总督的难度可谓差若天渊。这也是清代统治者“首崇满洲”国策的具体体现。

清代两江总督统辖3省，但凡地方军务、吏治、钱粮、民生等，皆在其职权范围之内，可谓事务繁剧、责任重大。在历任两江总督中，不乏清正廉洁、政绩卓著者。其中最为突出的，当属康熙年间的“天下第一廉吏”于成龙。于成龙，山西永宁（今山西离石）人，顺治十八年（1661）由副榜贡生入仕，在各地为官皆能清除积弊，革新政事“任事练达，堪称卓异”。

两江总督衙署位于今江苏省南京市长江路292号。民国时期成为国民政府办公地方，后称“总统府”。它最初的规模远大于总统府。从明代汉王府、清两江总督府、太平天国天王府到民国时的总统府。同治三年（1864年），曾国藩、曾国荃率湘军攻打南京，城破后天王府宫殿毁坏殆尽。同治九年（1870年）开始重建总督署，次年落成。新建正宅、门楼、穿堂、亭楼、厅阁，计1189间，又建吹鼓楼2座、牌坊4座，并修整了西花园、荷花池、驳岸等建筑。重建后的衙署不及原来规模大，但基本恢复了清衙署的旧面貌。康熙、乾隆南巡时曾驻跸于两江总督署。西花园侧有孙中山就任大总统的办公室，是7开间西式平房，近代建筑风格，为最后一任两江总督张人骏所建。

清代的总督成为常设官职，改变了明朝设置不常、无固定辖区的状况，其职权也由以军事控制为主渐渐转为地方政事，成为地区最高军政长官。《清史稿》将其基本职责概括为“厘治军民，综制文武，察举官吏，修治封疆”，亦即有振兴地方经济、缉拿盗匪、审理刑事案件、监察官吏、发展文教等权力，“此封疆大臣以总督为最重也”。两江总督除拥有上述职责外，还有其特殊职掌：因“天下财利最大者三事，所谓盐、漕、河者也，”“自黄河未决张秋前，三大政皆在江南。”“所以，两江总督还兼有盐务、漕运、河工之权。鸦片战争以后，又兼有南洋大臣之职，统辖长江以南各通商口岸的中外交涉事件。因此，两江总督政务繁重，职任重大，其地位颇属尊荣，在全国仅次于直隶总督，“位第二”。两江总督所管粮、漕、盐及河工无一不关乎清朝的国家大计，牵动着清朝的财政命脉，关系到朝廷的治乱成败，如李鸿章综观有清一代，大部分两江总督才干练达，并能做到清廉公正，实心爱民，为国分忧，他们在任上对地区的发展或多或少都做出了贡献。