黑龙江省京剧团始建于1949年6月17日，由东北人民剧院与黑龙江省平剧团合并组建，首任团长陈伯元带领剧团以新编历史剧与现代戏创作为核心方向。建团首月即推出《江汉渔歌》《大禹治水》等新创剧目，其中《大禹治水》累计演出超百场并获省级表彰。1954年随行政区划调整更名为齐齐哈尔市京剧团后，陆续推出引发全国反响的《罗盛教》（1956年晋京演出）、获国家级奖项的《天涯归鸿》（1985年全国少数民族题材戏剧奖）等剧目，形成传统戏、新编历史剧与现代戏并重的创作体系。

1949年6月17日，经东北行政委员会批准，原黑龙江省平剧团与东北人民剧院合并组建黑龙江省京剧团，驻地设于齐齐哈尔市龙沙区京剧院旧址。1954年7月，因黑龙江省与松江省合并，剧团划归齐齐哈尔市管辖并更名。文革期间集中排演《智取威虎山》等样板戏，1978年后恢复传统剧目演出并启动新剧目创排。2003年12月，根据文化体制改革要求与市评剧团合并组建齐齐哈尔戏曲剧院。

1956年创排的现代戏《罗盛教》在北京演出，引发全国反响。1985年推出的新编历史剧《天涯归鸿》，通过锡伯族戍边史诗展现民族团结主题，获文化部全国少数民族题材戏剧银奖。

1954年从黑河剧团调入青衣演员郭正秋，其在1957年随团赴朝鲜慰问志愿军演出《拾玉镯》，获金日成接见。1960年经齐齐哈尔市委推荐，郭正秋赴京拜张君秋为师，成为东北地区首位张派嫡传弟子。1989年通过艺校毕业生补充新鲜血液，青年演员周静波因在《忠王李秀成》中反串武生角色崭露头角。

1957年9月组建35人演出团赴朝鲜平壤、元山等地巡演两个月，演出涵盖《三岔口》《贵妃醉酒》等经典剧目。1962年郭正秋携张派代表作《望江亭》回黑河汇报演出，连续10场座无虚席，《黑河日报》刊发《从边疆到首都的艺术升华》专题评论。1980年代与沈阳京剧院建立人才交流机制，先后派出演员参与跨省联合演出。