1767年，六月。在黄冯基上书下，参与讨伐黄文质有功的土酋何功应和丁功湖，受到朝廷赏赐。1778年，五月。因连年荒饥，百姓多相聚为盗。安广人淑、遂和山南人侣、泽聚众万人作乱并攻陷安广。郑森命申春曙为水道督领，枚世汪为监军。又起用阮潘为左河步道督领，黄冯基为右河步道督领，随前去抚剿。但申春曙不敢与贼交战，后郑森改命郑自权为水道协督领。后在慎微与贼交战，大破之。事后论功行赏黄冯基和阮潘等将校皆有赏赐。
1786年，五月。阮文惠率领西山军进攻顺化。六月，西山军进犯京师，端南王郑棕召黄冯基入卫。黄冯基见到郑棕就说到：“臣父子九人，愿以死报国，誓不与此贼俱生。”郑棕赞赏黄冯基并赐饷银五千两。后黄冯基前往万春潮与西山军交战。黄冯基与其子八人力战西山军，其中，六子战死，另外二子则与黄冯基夺路而走。八月，西山军南归，新继位的昭统帝册封
郑槰为元帅总国政晏都王。
丁锡壤起兵入卫，扶持郑氏。黄冯基亦从山西入卫，昭统帝希望黄冯基能制衡丁锡壤，但黄冯基却与丁锡壤勾结帮助郑槰掌握大权。后黄冯基被封为中军都督府左都督，加爵硕武公。十一月，在
杨仲谦的鼓动下，郑槰谋反，派阮茂儞、裴润乘夜领兵进入宫殿，黄冯基因厌恶杨仲谦所以派兵阻止。昭统帝知道后，召
阮有整进京勤王。郑槰派兵抵御阮有整，但被其打败。黄冯基见状，领兵逃回山西。
1787年，五月。黄冯基起兵入卫，向各个县传达檄文，宣称诛杀阮有整、扶持皇帝。起初，当阮有整再次来到时，黄冯基在山西，按兵不动。等到阮有整攻破了桂坞之后，黄冯基才率军向东进发。阮有整派部领阮遹在大冯迎战黄冯基，自己则率领大军接应。黄冯基与阮遹交战，阮遹战败逃走。黄冯基的儿子们劝他乘胜追击，但黄冯基没有听从，让士兵们暂时休息。阮遹见黄冯基的军队没有追击，便重新集结队伍再次进攻。黄冯基的士兵正在吃饭，阮遹的军队突然杀来乱射，黄冯基的军队都溃散了。黄冯基和他的儿子单象奋力战斗，但阮有整的军队已经掩杀过来，黄冯基从战象上摔下，被阮遹的军队抓获，关在囚车里送到京师，后被赐死。