鳌山书院前身为文昌庙，乾隆二十年（1755年）由崖州知州宋锦改建为珠崖书院并捐银延师授课。道光八年（1828年）代理知州袁斯熊重修后，至道光十年（1830年）由知州齐元发更名为鳌山书院。书院作为官办社学，承担科举初级教育职能，设生童等级制度与膏火助学机制。光绪三十三年（1907年）改制为崖州高等小学堂，原址现位于崖城中学内。

乾隆二十年（1755年），崖州知州宋锦将州城东南隅的文昌庙改建为珠崖书院，捐银二百两设立延师授课的义学基金。乾隆二十七年（1762年），知州金绅主持重修并增建厢房，设立生童等级制度，完善助学津贴机制，碑记详载修缮过程。

道光八年（1828年），代理知州袁斯熊捐资重修书院，至道光十年（1830年）由知州齐元发更名为鳌山书院。光绪三十三年（1907年），书院随清末新政改制为崖州高等小学堂。1927年，校址迁至孔庙东侧，原址先后成为崖县中学、崖城中学所在地。

书院作为科举初级教育机构，主要教授应试内容，通过童试选拔生员。乾隆二十七年重修时，金绅设立生童等级制度，按考试成绩分为正课、附课、随课三级，并完善膏火（助学津贴）发放机制。

道光年间重修后，书院增建东西厢房，扩大办学规模。膏火基金来源于官员捐俸与士绅集资，由《重修义学捐置膏火碑记》明确收支管理规则。

书院旧址位于崖州城东南隅，南临宁远河，与《崖州志》记载的文昌庙位置一致。因地处鳌山（今南山）附近而得名，清代属崖州湾边缘地带。

建筑群包含主殿、厢房等设施，乾隆至道光年间经多次扩建，现存遗址位于今海南省三亚市崖州区崖城中学内。

书院沿革与办学细节多见于清代碑刻与方志。金绅《重修义学捐置膏火碑记》详载乾隆二十七年修缮始末与膏火管理章程。《崖州志》明确记录书院地理位置、名称演变及官办性质。