马文恭是南北朝时期刘宋政权的重要军事将领，长期参与边疆防御与平叛行动。元嘉二十七年（450年），马文恭受命驻守彭城门户萧城抵御北魏南侵，但遭遇魏军主力战败溃退。在元嘉二十六至二十七年间（449-450年），其以司空参军身份参与沈庆之征讨雍州蛮族。元嘉三十年（453年）刘宋宗室内战中，马文恭以宁朔将军衔率三万精兵参与建康攻防战，其军事活动贯穿刘宋元嘉年间重大战事。

元嘉二十七年（450年）北魏太武帝拓跋焘五路南侵期间，马文恭以参军身份受江夏王刘义恭派遣，率部进驻彭城东北战略要地萧城。马文恭所部与北魏楚王拓跋建所率军队交战后大败，仅以身免逃回彭城。此役失利使彭城失去外围屏障，直接暴露于魏军兵锋之下。

元嘉二十六年（449年）十二月，马文恭以司空参军身份参与沈庆之主导的雍州平蛮战役。其军事部署包括：

时任随郡太守的马文恭随沈庆之征讨雍州蛮，在沈庆之部署下率部从蔡阳口出击赤系邬。此役巩固了刘宋在荆州北部的统治，为其后晋升宁朔将军奠定基础。

元嘉三十年（453年）太子刘劭弑父篡位后，马文恭被武陵王刘骏委任为讨逆军先锋将领。其具体作战序列包括：

此役中马文恭所部突破叛军多重防线，为最终攻克建康发挥重要作用。战后凭借军功受封宁朔将军，参与刘宋军事行动。

史料记载呈现两种叙事维度：

现代研究指出其军事生涯体现南朝寒门将领的典型特征：依靠战功晋升但缺乏战略决策权，多次担任战役执行角色而非统帅。