由指挥官
展瀚韬（
马德钟饰）所领导的飞虎队行动组A Team，经过一年的合作和锻炼，各队员渐见成熟，合作更具默契，而面对的新挑战亦接踵而来。新上任总督察潘子龙（
洪天明饰）作风迥然不同，一众队员需重新调节。随着旧拍档相继离队，
俞学礼（
罗仲谦饰）、
庄卓源（
梁烈唯饰）等A Team成员摇身一变成大师兄，以身作则带领一批新队员，包括一心成为女飞虎的
苏文强（
黄智雯饰）。一次拯救人质行动，展瀚韬遇上被黑帮追杀的卧底警员
钟韦恩（
钟嘉欣饰），展瀚韬对其智谋和胆色留下深刻印象，既后帮助钟韦恩重回刑事情报科复职，二人渐生情愫，但各人皆发现钟韦恩时真时假，似隐藏着一些不可告人的秘密。飞虎队每次行动部署精密，但在一次行动中，一名飞虎队员却被指违反守则需接受聆讯。其他队员对此忿忿不平，团结一致保护犯错队友，惟展瀚韬公正不阿直斥其非。队友出现内哄，展瀚韬避免众人分化，自己申请调职。与此同时，钟韦恩为追查当年出卖她的幕后人物，不惜利用情报令飞虎置身险境。
该剧的一众“小鲜肉”魅力不减，不仅大秀肌肉身段，还大显身手上演连场枪战火拼，处处散发着浓浓的“男性荷尔蒙”气息，迷倒大量女性粉丝。令人惊喜的是，一向以乖乖女形象示人的钟嘉欣也来了一个大转型，在剧中饰演性格狂躁硬朗的CIB女警，首集就自毁形象玩起“自残”，血腥指数和爆发力实在让人惊呆了。（《羊城晚报》评）
外剧在年轻观众群中大行其道，中国观众对外剧的周播模式，每集快节奏、大信息量的模式接受度普遍提高，无线用《飞虎》试水年轻观众的新口味，尝试“将一部警匪剧当成一部警匪电影来拍”的架势，尽管成败未知，但也让年轻观众看到TVB从一成不变的长篇师奶剧中找到新出路的美好愿景。（《南方都市报》评）