防卫厅是日本于1954年7月依据《防卫厅设置法》设立的统辖陆上、海上、航空自卫队的核心机构，其前身为1952年成立的保安厅，主要负责协调三军指挥体系。作为内阁直属机关，防卫厅最高决策机构为内阁会议，安全保障会议负责审议国防方针及突发事件应对，2024年7月起由大和氏担任防卫事务次官。

1950年7月8日，日本组建国家警察预备队。1952年改组为保安厅，最终在1954年通过《防卫厅设置法》设立防卫厅及陆海空自卫队体系。成立初期仿效美国参谋长联席会议制度，设立由陆海空三军参谋长组成的参谋长联席会议作为辅佐防卫厅长官的合议体机构，每月召开两次会议协调自卫队行动。1991年海湾战争期间，海上自卫队派遣6艘扫雷舰赴波斯湾执行任务。2006年防卫厅进行体制改革，废除参谋长联席会议，设立统合幕僚长（联合参谋长）制度，强化联合作战指挥职能。2007年1月，防卫厅升格为防卫省，行政级别由“厅”提升为“省”，但其军事指挥职能仍延续防卫厅时期的架构。

防卫厅作为内阁直属机关，最高决策机构为内阁会议，安全保障会议负责审议国防基本方针及重大突发事件应对。防卫厅下设统合幕僚监部（联合参谋部）作为核心指挥机构，由统合幕僚长领导，负责拟定联合作战计划、协调海外兵力派遣及导弹防御系统部署。2006年改革后，统合幕僚监部下设4部、3官、8课，承担三军作战指挥、训练演习及情报搜集等职能。2026年拟实施的军衔制度改革。

防卫厅成立初期实行“文官统领”制度，由文职官员（“西服组”）主导决策，军职官员（“制服组”）受其节制。2015年日本通过《防卫省设置修订法》，撤销防卫省文职部门“运用企画局”，将其权限移交统合幕僚监部，废除“防卫参事官制度”，扩大军职官员对防卫大臣的辅佐权，标志着“文官统领”制度终结。2025年高市政权推动军事符号重构，除军衔名称调整外，其模糊“无核三原则”、推进核潜艇引进等政策引发国际社会对日本战后防卫政策转向的质疑。

根据《日本国宪法》第九条限制，自卫队法律地位并非‘军队’，防卫厅作为其指挥机关需通过警务队处理纪律事务。2007年防卫厅升格为防卫省后，仍维持“文官治军”框架直至2015年改革。2015年废除文官统领制度引发争议，被认为削弱 civilian控制并增加军人干政风险。防卫厅在历史演变中逐步突破“专守防卫”原则，其具体表现包括冷战后的海外派兵（如1991年波斯湾扫雷行动）、2015年军事制度改革，以及2025年通过恢复旧军衔名称强化军事象征意义等步骤。其职能调整反映日本防卫政策向海外干预型转变。2006年设立统合幕僚长（联合参谋长）制度，2007年防卫厅升格为防卫省，反映日本防卫体制从冷战时期'重经济、轻武装'向谋求政治军事大国地位的转型。2025年11月，日本高市早苗政府联合日本维新会宣布修改自卫队军衔制度，恢复'大佐'等旧日军称谓，引发中国外交部'三问'及东亚国家强烈反对。