钟差是指卫星钟与接收机钟之间的时间偏差，在卫星导航系统中主要表现为卫星钟差和接收机钟差。卫星钟差指的是卫星钟与GPS基准时间的偏差，尽管GPS卫星使用高精度的原子钟，但仍存在偏差或漂移，这些偏差可能在1毫秒以内，引起的等效距离误差可达约300公里。此外，还提到了相对论效应引起的相对钟差，即由于卫星钟与接收机钟在速度和引力方面的差异导致的频率变化。为了补偿这种效应，可以在制造卫星钟时有意降低其频率。对钟差的准确补偿是提升航海导航系统（如GPS）定位精度的关键。

卫星钟差指卫星原子钟与GPS基准时间的偏差。虽使用高精度原子钟，仍存在微小偏差或漂移。1毫秒偏差换算为距离误差可达约300公里，需通过地面监测和模型修正进行实时补偿。

接收机钟差由接收设备时钟与GPS基准时间的偏差导致。其误差通常通过接收多颗卫星信号，利用数学方程求解钟差参数来消除。

卫星与接收机因速度和引力差异产生相对论钟差。卫星钟频率需预先调低以抵消相对论效应引起的频率变化。该措施在卫星钟制造阶段完成，通过有意降低其频率来补偿相对论效应引起的相对钟差，确保导航系统时间基准的一致性。