伞藻的配子囊形成于生殖期伞帽部位，细胞核经多次分裂后随细胞质流进入该区域，发育为单倍体配子并构建囊状结构。成熟后囊壁解体，配子通过囊孔释放至海水中进行融合。
衣藻在不利环境下加厚细胞壁形成配子囊，分裂产生“+”、“-”两种
同型配子，通过结合形成二倍体合子完成世代交替。
苏铁纲雄配子囊（
小孢子囊）分布于
孢子叶四周，内部
孢原细胞经径向分裂形成初生壁细胞与
造孢细胞，最终
减数分裂产生具鞭毛精子。
雌配子体发育过程中，珠心组织的孢原细胞分化为
大孢子母细胞，经减数分裂形成含数百至数千细胞核的雌配子体并分化
颈卵器。
银杏纲保留原始配子囊特征，雄性花粉锥末端具2个小孢子囊，雌性
大孢子叶末端含2个大孢子囊，精子仍保留鞭毛运动能力。
松柏纲则演化出无鞭毛精子，依赖
花粉管输送配子，配子囊结构随受精方式优化逐渐简化。
配子囊在藻类世代交替中承担过渡载体功能。衣藻单倍体营养体通过形成配子囊进入有性世代，产生的配子融合后形成休眠态二倍体合子，环境适宜时经减数分裂重返无性世代。该过程与孢子囊产生的孢子形成生殖周期互补，共同维持种群遗传多样性。