配子体世代是具有单倍数染色体的植物生活史阶段，通过减数分裂形成配子完成有性生殖。该世代在不同藻类中呈现显著差异：褐藻纲海蒿子、鼠尾藻、墨角藻等缺乏独立配子体世代，而红藻门多管藻、错综红皮藻则具备发达配子体世代。岩生刚毛藻的配子体与孢子体形态相似但染色体数目不同，揭示藻类世代交替的多样性模式。2020年热带海洋学院研究发现条斑紫菜的叶状配子体世代具有独特抗氧化基因家族扩张，证实其适应潮间带极端环境的分子机制。

配子体世代是植物生活史中染色体数目为n的阶段，通过产生雌雄配子实现有性生殖过程。其核心机制包括：

褐藻纲物种呈现退化特征：

红藻门则保有典型配子体：

海黍子生活史仅有二倍体孢子体世代，通过藻体成熟部位直接减数分裂产生配子，生殖托内形成生殖窝包裹配子发育过程。这种模式与海蒿子、墨角藻的生殖策略具有同源性，表明褐藻纲普遍缺失独立配子体世代。

复杂红皮藻的配子体世代体现典型红藻特征：

多管藻则呈现更复杂的世代交替，其果孢子体附着在配子体上生长，最终发育出四分孢子体完成生活史循环。

截至2020年，热带海洋学院团队通过条斑紫菜基因组研究揭示：

该研究系统阐释了潮间带藻类配子体世代的分子适应策略，为水产养殖中藻类抗逆品系选育提供理论依据。