部分基因组（segmental genome）是1969年发现的基因组概念，现应用于
叶绿体基因组研究。以Hypericum monogynum L.为例，其部分叶绿体基因组大小为120,005 bp，包含70个基因。研究显示该物种叶绿体基因组GC含量达36.96%，含33个蛋白质编码基因、30个转运RNA基因及7个核糖体RNA基因，系统发育分析证实其在Guttiferae家族中的独特分类地位。
在病毒的核酸中，用常规方法抽提，可得到数个整的分段（segment）部分，这些分段即称为部分基因组。是M．W．Pons和G．K．Hirst于1969年在流感病毒中发现的。他们发现有
双链RNA的病毒和单链RNA的流感病毒．并且每种的分段均可作为mRNA的模板，进而用该种mRNA合成与原本相对应的病毒蛋白质。从表面现象上看，流感病毒中基因重组的频率之所以很高，认为这是因为这种部分基因组在病毒粒子的成熟过程中被随机组合之故。