连云港综合保税区是2018年5月31日经国务院批准由连云港出口加工区整合优化设立的海关特殊监管区域，规划面积2.97平方公里，分为徐圩新区片区（0.53平方公里）、原出口加工区区块一（1.93平方公里）和区块二（0.51平方公里）三个片区。其前身连云港出口加工区于2003年3月10日获批设立，2019年8月20日通过国家验收，同年10月21日获海关总署批复验收合格，12月16日正式封关运作。

2003年3月10日，经国务院批准设立连云港出口加工区；

2018年5月31日，国务院正式批复连云港出口加工区整合优化为连云港综合保税区；

2019年8月20日，连云港综合保税区通过国家联合验收组的验收。

2019年10月21日，海关总署批复认定验收合格；2019年12月16日正式封关运作。

2020年9月，成功获批开展增值税一般纳税人资格试点。

2023年，与霍尔果斯综合保税区签订合作共建框架协议，共同推进新亚欧陆海联运通道沿线综合保税区融合发展。

综合保税区是中国除自由贸易试验区外，开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的特殊监管区域，也是连云港打造“一带一路”支点城市的重要平台载体。

连云港是“一带一路”建设的战略支点和重要的海陆转换枢纽，在开放型经济发展、平台载体打造等方面不断取得新的进展。综保区对于连云港进一步扩大开放，加快打造国际化海港中心城市，对于江苏省加快“一带一路”交汇点建设，构建陆海内外联动、东西双向互济的对外开放新格局都具有重要意义。

连云港将以通过验收为契机，进一步落实中央和省关于综保区发展的政策措施，着力推动加工制造中心、研发设计中心、物流分拨中心、检测维修中心、销售服务中心“五大中心”建设，在下一步的发展中着力推动产业转型升级、促进外贸优进优出、深化制度创新，不断提升连云港综保区的国际竞争力和创新力。

截至2019年8月21日，连云港综合保税区内入驻企业共39家，其中外资企业18个，投资总额2.9亿美元；内资企业21个，投资总额18.5亿元。区域内实现“七通一平”。

连云港综合保税区规划总面积2.97平方公里，共分三个区块：区块一位于徐圩新区片区，面积0.53平方公里；区块二、区块三均位于市开发区，是在原出口加工区基础上整合而成，面积分别为1.93平方公里和0.51平方公里。

原出口加工区片区将在原有业务基础上，推动加工贸易转型升级，扩大园区产业规模，向集综合产业、保税加工、商贸会展、服务创新和保税物流等功能于一体的方向发展，打造高科技制造中心、保税货物集散中心、保税展示交易中心和研发设计检测中心。

徐圩新区片区将主要为炼化一体化项目和徐圩新区产业发展服务，将建设大宗商品集散中心、新亚欧大陆桥国际物流分拨配送中心等重点项目，提供保税仓储、保税加工、国际采购、国际贸易、国际配送、集装箱物流等服务。

根据安排，连云港综合保税区获批后，将加快推进基础建设和招商合作，力争早日通过海关总署验收并尽快投入使用。

从2018年到2023年，连云港综合保税区工业总产值由10.72亿元增长到22.61亿元，经营总收入由7.46亿元增长到36.06亿元，进出口总额由2.64亿美元增长到10.73亿美元，相关经济指标均实现翻番。2019年，综保区一线进出口额4.6亿美元，同比增长70%，增幅居南京关区首位。2020年上半年，进出口总额2亿美元，增长8.1%。

截至2023年，区内现有注册企业145家，其中保税加工24家、保税仓储物流58家、贸易企业45家，创新业态保税维修1家、跨境电商17家。

重点产业包括以风力发电塔筒制造、医用无纺布制品加工、坚果及果干类食品加工、进口粮食精深加工、氧化铝陶瓷件生产等为主的保税加工产业；以中西部地区农副产品保税出口、矿产品保税进口、冷链仓储物流以及多功能综合保税仓储服务等为主的保税物流产业；以省级跨境电商产业园为依托的跨境电商创新业态；以及以美国笔记本电脑、手机维修等为主的保税维修创新业态。

连云港综合保税区自封关运作以来，围绕加工制造中心、物流分拨中心、销售服务中心、检测维修中心、研发设计中心以及跨境电商产业基地的建设目标，不断优化特殊区域开放平台建设，加快制度创新和转型升级步伐。目前，连云港综合保税区已复制推广自贸试验区改革创新成果18项。2020年9月，其成功获批开展增值税一般纳税人资格试点。

2020年6月，江苏省内首单韩国免税店跨境电商商品在连云港综合保税区通关放行备货入区。连云港综保区跨境电商业务规模持续扩大，获批全省首批省级跨境电商产业园。2023年，连云港综保区省级跨境电商产业园“两品牌、四中心”揭牌暨跨境电商体验中心启动。“两品牌”即“自贸免税购”和“自贸跨境购”，“四中心”即保税仓储中心、保税体验中心、孵化办公中心、海关监管中心。

在基础设施建设方面，开发区片区共完成《连云港综合保税区（开发区片区）建设计划》中涵盖监管设施、基础设施及信息化系统建设的41个项目，总投资6200万元。徐圩片区是新建园区，已完成投资6.91亿元。2023年，计划在2024-2025年再投资5000万元，用于综保区一期卡口改扩建、道路提升改造、查验场站和围网等公共设施维修。

2023年，连云港综合保税区与霍尔果斯综合保税区签订合作共建框架协议，双方将围绕规划布局、招商引资、业态发展、业务创新及运营管理等方面开展深度合作，形成“两区联动”模式。从2018年到2023年，连云港综合保税区工业总产值由10.72亿元增长到22.61亿元，经营总收入由7.46亿元增长到36.06亿元，进出口总额由2.64亿美元增长到10.73亿美元，相关经济指标均实现翻番。目前，区内现有注册企业145家，其中保税加工24家、保税仓储物流58家、贸易企业45家，创新业态保税维修1家、跨境电商17家。

2023年9月1日，连云港综合保税区与霍尔果斯综合保税区签订合作共建框架协议。根据协议，双方将围绕综合保税区规划布局、招商引资、业态发展、业务创新及运营管理等方面开展深度合作和交流，形成“两区联动”模式，加速推进新亚欧陆海联运通道沿线综合保税区融合发展。同年下半年，连云港综保区还与营口综保区签署了合作共建框架协议。