连云港市重点文物保护研究所是2006年7月成立的公益一类全额拨款事业单位，2023年1月1日更名为'连云港市文物保护和考古研究所'。该机构承担全市不可移动文物及地下（含水下）文物的考古调查、勘探、发掘、保护与研究，负责出土文物修复保护、研究以及历史文化名城保护和日常管理工作。作为连云港市文化广电和旅游局直属单位，其官方网站'连云港文保网'同步更名为'连云港文物考古'以匹配机构改革进程。

该机构于2023年1月经批准由原'连云港市重点文物保护研究所'更名为'连云港市文物保护和考古研究所'，改制后形成考古发掘、文物保护、科研修复三位一体的专业架构。官方门户网站同步完成品牌升级，原'连云港文保网'域名及标识更换为'连云港文物考古'。

机构设有办公室、业务部、资料信息中心、石刻研究中心四个部门，编办核定事业编制6名（含正副科级领导职数3名），专业技术人员占比66.7%。

通过系统考古工作，机构先后完成海州古城墙遗址勘探、藤花落史前城址保护规划等重大项目。在2021年连盐铁路考古项目中，抢救性发掘汉代墓葬群27座，出土釉陶器、铜镜等文物214件套。

与南京大学考古文物系建立联合工作站，在科技考古、文物保护材料研发领域开展深度合作。常年承担本市文物保护专业技能培训工作，培养专业技术人才。