转录调控是通过调控RNA聚合酶活性或DNA可及性改变基因转录速率的分子机制，其核心在于转录因子与顺式作用元件的相互作用。2020年Cancer Cell International期刊发表的子宫内膜癌研究表明，生物信息学分析可构建包含E2F1、SOX9等9个差异转录因子的调控网络，通过limma包筛选差异基因、Cistrome数据库匹配转录因子、共表达分析建立调控关系，最终使用Cytoscape实现网络可视化。

生信分析中的转录调控研究主要基于表达量相关性预测潜在调控关系，包含四个核心步骤：差异基因筛选、转录因子匹配、共表达分析、网络可视化。该方法可揭示转录因子与靶基因的调控拓扑结构，适用于癌症等复杂疾病机制研究。

使用limma包进行mRNA表达谱分析：

通过Cistrome数据库获取318个肿瘤相关转录因子：

整合免疫基因数据库IMMPORT进行多层次分析：

通过Cytoscape 3.8.2版本软件实现网络拓扑解析：

该技术路径具有三重验证机制：

生信预测结果需结合体外实验验证：