行都司是明代设置的省级军事管理机构行都指挥使司的简称，主要设置在偏远且重要的边疆要塞地区。洪武八年（1375年）改行都卫为行都司，主要设置于边疆海防要地。其职能为掌管辖区军政事务，统辖下属卫所，与常规都司形成战略互补。陕西、山西等行都司隶属不同都督府管辖，如山西行都司属后军都督府，福建行都司隶属前军都督府，陕西、四川行都司隶属右军都督府。

洪武八年（1375年）首设西安行都卫于河州（今甘肃临夏），次年改制为行都司。该建制改革标志着明代边疆军事管理体系的确立。成化十二年（1476年）增设湖广行都司，扩展至长江中游防务。

全国共设五处典型行都司：

作为正二品军事机构，行都司设都指挥使统辖卫所兵备。其与常规都司的差异体现在：

行都司布局呈现显著战略防御属性：

该建制有效强化了明朝。