行太仆寺是明代马政管理体系的重要组成部分，隶属于兵部，与太仆寺、南京太仆寺共同构成专职马政管理机构。其设立始于洪武二十八年（1395年）群牧监废除后，旨在调整地方官参与马政管理的政策。永乐十八年（1420年）明成祖迁都北京后，原北平行太仆寺改称太仆寺，滁州太仆寺则更名为南京太仆寺，最终形成南北两京太仆寺与边镇行太仆寺并存的格局。

明初沿袭前代马政制度，洪武二十八年（1395年）废除群牧监后，转而通过地方官员参与马政管理，行太仆寺作为专职机构应运而生。永乐十八年（1420年），明成祖迁都北京，原北平行太仆寺改称太仆寺，滁州太仆寺则更名为南京太仆寺，形成以北京太仆寺、南京太仆寺为核心，行太仆寺及苑马寺分管边镇马政的体系。

行太仆寺专理边镇马政事务，与苑马寺、太仆寺、南京太仆寺及茶马司共同归属兵部管辖。其职能包括监督边镇马匹繁育、调拨及军用马匹供应，但具体职官设置未见详细记载。根据弘治朝大学士邱濬的记述，明代马政机构中，行太仆寺与太仆寺、南京太仆寺品秩相同，体现其在管理体系中的重要性。

作为边镇马政的核心机构，行太仆寺的设立标志着明代马政从中央集权向地方分权的调整。迁都北京后，行太仆寺与两京太仆寺的分工协作，进一步强化了明代马政的全国性统筹能力。

行太仆寺与苑马寺虽同为边镇马政机构，但职能存在差异：苑马寺侧重于马匹饲养与牧场管理，而行太仆寺更注重马政事务的行政监督与协调，由兵部统一管辖。此外，茶马司通过茶马贸易补充军用马匹来源，与行太仆寺、太仆寺、南京太仆寺及苑马寺共同构成明代马政管理体系，由兵部统一管辖。