藻礁是由藻类群落繁盛生长并参与建造的礁体结构，其形成与藻类生物作用及沉积环境密切相关。在贵州紫云石炭纪地层中，叶状藻通过五次集中发育形成厚达15米的大型骨架礁灰岩，呈现孤立点礁、多层迭置礁和连续礁体三种形态；柴达木盆地古近纪湖相藻礁则与叠层石组合呈现阶段性演化。南海新生代藻礁以珊瑚藻为主要造礁生物，形成具有储集性能的塔礁、台地边缘礁等类型，台湾西北海岸存在无栉珊瑚藻构成的现代藻礁。

藻礁的建造依赖于藻类生物活动与环境条件的协同作用。叶状藻通过分泌钙质形成骨架结构，在贵州紫云地区形成厚达15米的连续礁体。珊瑚藻在南海通过皮壳状和分枝状生长模式，与珊瑚等生物共同构建抗浪礁体格架。微生物诱导的碳酸钙沉淀是柴达木盆地藻礁形成的重要机制，其形成需要水温较高、基底为砾岩等硬质底质。

在瓮安埃迪卡拉系灯影组，藻类通过改变海水pH值促进磷质沉淀，形成磷酸盐-碳酸盐交替纹层的柱状叠层石礁体。藻礁发育可分为三个阶段：生物碎屑滩形成期提供基底，叶状藻快速生长期构建主体，胶结作用完成礁体固化。

大型藻礁体呈现明显的垂向分带性：

贵州紫云叶状藻礁发育三种形态：孤立点礁（直径米）、多层迭置礁（垂向叠加3-5层）、连续礁体（延伸超过1公里）。南海藻礁普遍具有高孔隙度特征，平均孔隙度达20%，形成于海平面上升期的快速生长阶段。

全球藻礁主要分布在三个地质区域：

珠江口盆地藻礁形成早于曾母盆地约3百万年。石炭纪藻礁在全球生物礁演化中占据特殊地位，填补了珊瑚礁衰退期的生态空缺。

作为古环境指示器，藻礁纹层记录着地质时期的水化学变化。瓮安叠层石磷块岩中U/Ce比值异常反映次氧化沉积环境，柴达木盆地古近纪—新近纪湖相藻礁的δ13C值波动与古气候变迁直接相关。在资源勘探领域，南海珊瑚藻礁储层已成为重要油气勘探目标，其有效孔隙度是常规砂岩储层的2-3倍。此外，黄河口国家公园通过构建贝藻礁2.6万亩，疏通潮沟76公里并连通水系241公里，候选区鸟类种类增加到403种。

研究证实藻礁对海平面变化具有敏感性：南海藻礁在海进期快速生长，短暂海退导致礁体暴露并形成溶蚀孔隙。这种周期性发育特征为重建古海平面变化曲线提供了生物沉积学依据。