菌界是生物分类系统中真菌纲（Eumycetes）的统称，作为独立生物界被纳入魏泰克五界分类体系。其核心特征包括异养型营养方式、真核细胞结构及含几丁质或纤维素的细胞壁。现代分类系统将菌界划分为
壶菌门、
担子菌门等18个门级分类单元，最新研究证实其单系群属性。
传统分类体系将菌界划分为鞭毛菌、
接合菌、
子囊菌、
担子菌和
半知菌五个亚门。2001年《真菌词典》第9版确立三界分类框架，明确壶菌门、
接合菌门为核心分类单元。2018年Tedersoo等人基于分子系统学研究提出新18门分类系统，包含球囊霉门等新设门类。