苏州大学水产研究所创建于2003年，是苏州大学校级非实体性科研机构之一，主要聚焦水生动植物资源保护、水产动物营养、水域环境修复及水产食品安全等领域的研究。研究所位于苏州市工业园区独墅湖高教区仁爱路199号，下设江苏省水产动物营养重点实验室，拥有水产学相关的一级学科博士学位点和硕士学位点。2023年，该所与多家企业签订合作协议，共同推动工厂化绿色养殖示范基地建设。

苏州大学水产研究所成立于2003年，初期以水产动物营养与饲料为主，后逐步拓展至水产全产业链研究领域。截至2025年，已发展为拥有20余名专职研究人员的综合科研机构。

研究所主要研究方向包括：

学科发展：新增本科“食品质量与安全”专业方向，强化“以生物科学为基础，以水产食品安全为特色”的学科定位。

研究所现址为苏州市吴中区，邻近中国科学技术大学苏州科技园、独墅湖图书馆等区域，周边公交线路包括178路、快线2路等。

核心团队包括全国饲料评审委员会委员、全国饲料标准化委员会委员、苏州大学教授、水产研究所所长叶元土，江苏省“六大人才高峰”培养对象、苏州大学教授、博士生导师蔡春芳等，研究方向覆盖水产营养、遗传育种、水产品加工等领域。