自身耐受是免疫系统通过中枢与外周耐受机制对自身抗原保持特异性无应答的生理状态，其核心机制包括胚胎期淋巴细胞克隆清除学说与成熟期调节性T细胞的免疫调控。该概念最早于2007年被正式确立为免疫学名词，其形成受抗原性质、剂量、递呈途径及机体发育阶段等多种因素影响。自身耐受的维持可防止自身免疫病的发生，而适度自身抗体的存在又对清除衰老细胞具有生理意义。

自身耐受(self tolerance)指机体免疫系统对自身组织抗原不产生免疫应答的现象，根据形成时期可分为：

此概念与Burnet的克隆选择学说密切相关：在胚胎发育阶段接触自身抗原的淋巴细胞会通过凋亡或功能失活被永久清除。

未成熟T/B细胞在胸腺与骨髓经历阴性选择：

该过程清除约95%的自身反应性淋巴细胞。

成熟淋巴细胞在外周组织的调控：

血脑屏障等免疫豁免机制可保护特定器官免受免疫攻击。

耐受破坏可导致系统性硬皮病、天疱疮等疾病，常见诱因包括：

生理性自身抗体（如抗DNA抗体）在清除凋亡细胞中起重要作用，浓度通常低于病理阈值。