自身免疫（autoimmunity）是在正常情况下，动物的免疫系统只对自身以外的异物抗原发生反应，但由于某些原因对自身构成成分引起免疫反应时，则称为自身免疫。

指机体免疫系统针对自身抗原发生免疫应答，产生低水平的抗体和致敏淋巴细胞的现象。

自身免疫可发生于下列两种情况：（1）像脑实质、眼球、精子等的抗原那样，通常与免疫系统隔离的抗原，由于组织的炎症及其他原因而渗出组织外，或由于淋巴细胞向组织浸润而引起免疫反应。所以，这种情况的免疫反应对个体来说尽管是自身免疫，但就免疫系统来说是同对异物抗原的免疫反应一样的。（2）参与免疫的淋巴系细胞（免疫活性细胞）虽常同自身成分接触，但后者不属于反应的对象（免疫耐受性）。可是，由于某些原因导致免疫活性细胞群的耐受性失效时，就会引起自身免疫。

健康个体的体内,存在一定量和自身反应性T细胞,他们在维持免疫系统自稳状态中发挥作用。例如正常人血清中可检出抗独特型抗体，抗核抗体，抗线粒体抗体，类风湿因子（rheumatoid factor,RF)等多种自身抗体。某些自身抗体可能具有重要的生理学功能。例如：抗独特型抗体具有免疫调节作用，RF是针对变性IgG的抗体，它可与多价IgG结合，从而有助于通过单核—吞噬细胞清除循环中免疫复合物。大多数自身抗体的效价较低，不足以引起自身组织的损伤，但可协助清除自身衰老蜕变的自身成分，故亦称为“生理性自身抗体”