胸腺基质细胞（thymic stromal cell, TSC）是构成胸腺微环境的核心成分，包含起源于胸腺胚基内胚层的
上皮细胞（分为皮质和髓质上皮细胞）及骨髓来源的
巨噬细胞、
树突状细胞、
成纤维细胞等。这些细胞通过直接接触、细胞外基质介导和分泌细胞因子三种方式，参与T细胞的分化发育：皮质上皮细胞通过MHC分子驱动T细胞阳性选择，而髓质区的巨噬细胞等通过呈递自身抗原完成阴性选择。
单细胞转录组学研究（2023年）揭示了更精细的分类：
间充质细胞（PDGFRA+）、
周细胞（PDGFRB+）和
血管内皮细胞三大类，其中周细胞特异性表达激活素A调控上皮分化。