结合位点是
生物大分子（如蛋白质、
核酸）表面能够与其他分子或离子形成稳定相互作用的特定空间区域。该概念在
生物物理学研究中具有重要地位，例如
核糖开关通过
双螺旋结构和保守
嘧啶形成配体结合位点调控翻译过程，SNARE蛋白通过差异性结合位点介导
真核生物囊泡转运。
核小体展开程度可动态调节CTCF蛋白结合位点的可及性，而DNA上的
转录因子结合位点（TFBS）则是
基因表达调控的关键元件。
核糖体结合位点（RBS）通过序列特征直接影响
蛋白质合成效率，其工程优化已成为
合成生物学重要研究方向。