纳古菌门（Nanoarchaeota）是古菌域核心分类单元之一，于2002年由卡尔·斯泰特通过环境样品分析发现并命名。其分类地位基于16S/18S rRNA序列分析与基因组特征，在古菌域演化树上形成独立分支。该门类包含超嗜热菌群，典型代表如精卫古菌目能在80°C以上高温热泉中生存，部分类群对高盐环境具有适应性。作为DPANN超门成员，纳古菌门展现出基因组精简化和极端环境适应机制，为研究早期生命演化提供关键线索。

古菌域包含28个门类，纳古菌门作为早期确立的六大核心门类之一，与广古菌门、泉古菌门共同构成三域学说的重要支撑。基于31个同源基因构建的系统发育树显示，该门与真核生物的进化关联性较其他古菌门更低。2009年正式分类体系中，纳古菌门被列为古菌域第二顺位门类，下设纳古菌属等分类单元。

纳古菌门细胞膜含有甘油醚脂质成分，细胞壁多为S-layer蛋白层结构。其典型成员基因组大小仅为0.49-0.56 Mb，编码反向螺旋酶基因（rgy）等高温适应性元件。2023年发现的精卫古菌目通过高温特异性氨基酸替代策略，在高温环境中维持蛋白质稳定性。

该门类在深海热液喷口、陆地热泉及高盐土壤中广泛分布。云南腾冲热泉中发现的海燕古菌属，其生物量占热泉古菌群落的19.3%。土壤研究表明，纳古菌门类群丰度与土壤盐度呈正相关（r=0.72），在高盐生态系统碳氮循环中发挥关键作用。

2002年发现初期，纳古菌门凭借独特的rRNA序列差异被确立为新门类。2023年基因组分析揭示，其祖先可能起源于中性温度环境，通过水平基因转移获得嗜热特性。作为DPANN超门代表，该门类依赖宿主微生物获取小分子营养物的代谢模式，暗示早期生命形式可能的共生演化路径。