系统发育分析（phylogenetic analysis）是运用生物形态或分子数据重建系统发育树以推断物种进化关系的分析方法，被《植物学名词》第二版收录为植物学学科术语。该方法通过邻接法、最大似然法、贝叶斯法等构建拓扑结构，采用PHYLIP、MEGA、MrBayes等软件平台进行建树与验证。

利用现有生物的形态或分子生物系数据重建系统发育树推断系统发育过程，分析物种之间的进化关系。通常用系统发育树表示。

《植物学名词》第二版。