第一次亚非会议以后，国际形势发生了复杂的变化，在帝国主义和殖民主义的挑拨离间下，一些国家之间又起了冲突，使亚非团结受到严重干扰。在费尽周折之后，1964年4月10日至15日，在印尼总理苏加诺的积极倡导和亚非一些国家的支持下，第二次亚非会议的筹备会终于在印尼的雅加达召开，并通过了《最后通告》，决定第二次亚非会议在1965年3月10日召开。

四十年后，2005年4月22日至23日在雅加达举行第二次亚非会议，探讨加强两大洲在多个领域里合作的问题。