琼脂糖凝胶是以琼脂糖为支持介质制备的凝胶。琼脂糖分为一般琼脂糖和经化学修饰后熔点降低的低熔点琼脂 糖，琼脂糖的熔点在62〜65°C之间，融化后在37°C下可维持液态数小时，30°C时凝固成胶。多用于对染色体DNA在凝胶内进行原位酶切及DNA片段回收。琼脂糖凝胶 由于孔径大常用于大分子蛋白质、DNA的分离。

琼脂糖凝胶主要由琼脂糖构成，其三维网状结构孔径大小与琼脂糖浓度成反比。浓度越高，孔径越小，适合分离小片段核酸；浓度越低，孔径越大，适用于大片段分离。

琼脂糖凝胶电泳利用带负电的核酸分子在电场中向阳极迁移，迁移速率与分子大小成反比。较小的DNA片段迁移更快，实现分离。同时，凝胶的分子筛效应增强大小依赖性分离。