王琼祠始建于明嘉靖十二年（1533年），由明代重臣王琼长子王朝立主持修建。祠堂位于晋祠晋溪书院西侧，坐西朝东，主体建筑面阔三间、进深两间，采用悬山顶结构，檐高5.16米，占地面积88.92平方米。殿内神龛供奉身着官服的王琼塑像，两侧立有六尊武士像，檐额悬有“山高水长”匾额。祠堂前现存两株树高逾20米的古银杏树，据传系王琼亲植，树龄约500年。

王琼祠始建于明嘉靖十二年（1533年），系时任吏部尚书王琼去世次年，由其次子王朝立奏请朝廷获准后建造。初名“晋水贤祠”，后改称现名。祠堂选址于王琼晚年居住的晋溪园西侧，与其生前创建的晋溪书院（原晋溪园）构成完整建筑群。

主体建筑为悬山顶结构，面阔三间（11.34米），进深两间（7.84米），檐高5.16米。基座采用条石砌筑，柱础为元代风格的覆盆式，前檐柱头设五踩双昂斗拱。屋面覆盖灰色筒瓦，正脊两端置龙形吻兽，垂脊饰有仙人走兽。现存建筑于1980年代进行过修缮，基本保持明代建筑特征。

殿内中央设木雕神龛，供奉王琼头戴乌纱、身着大红官服的坐像，像高2.2米。两侧各立三尊武士像，手持斧钺等仪仗兵器，像高约1.8米。神龛上方悬有“山高水长”匾额，该匾由清代书法家赵望进补书。

祠堂前临鸿雁南河，后倚悬瓮山麓，右邻晋祠著名景点难老泉，左接鸳鸯水亭。正门与晋溪书院仪门呈轴线对应，门前平台现存两株银杏树，树干周长逾3米，树冠投影面积达300平方米，秋季呈现金黄景观。西北侧50米处为晋祠博物馆核心建筑群，包含圣母殿、鱼沼飞梁等全国重点文物保护单位。

作为明代三朝重臣纪念祠堂，与晋祠宋塑侍女像、周柏唐槐等共同构成晋祠文化遗产的重要组成部分。祠堂现存明代建筑构件比例达60%，其悬山顶形制与晋祠元代建筑群形成时代对比。2021年列入晋祠全国重点文物保护单位核心保护范围。祠堂楹联“举朝汹汹，谁知讨擒宸濠，此事已付王新建；公论啧啧，试看总督甘陕，厥功何如杨应宁”概括了王琼平定宁王叛乱、经略西北边防的历史功绩。