肉身之眼晦暗不明，只能看见近处却看不见远处，能看见前方却看不见后方，能看见光亮却看不见黑暗，因此人眼所见的世界，并非确凿无误的存在。有些人拥有特殊的眼睛，能看见别人看不见的事物。孤儿夏冬青（
刘智扬 饰）就有这样一双特别的眼睛，他能看到鬼魂，也能看到另一个世界的众生。凭借这双眼睛，夏冬青见识过那个世界里的爱与哀愁，以及其中众生的追求与向往；也正因为这双眼睛，他结识了邪魅狂狷的“灵魂摆渡人”赵吏（
于毅 饰），还有美丽善良的女孩王小娅（
肖茵 饰），夏冬青几乎爱上了王小娅。但就像赵吏和王小娅当初突然出现在夏冬青的生活里一样，他们后来也同时从他的生活中消失了。一年之后，夏冬青考上了研究生，身边有了新的朋友，脸上也有了笑容，此时的他看起来就是一名普通学生，没人知道他能看见鬼魂的秘密，也没人知道他拥有一双与众不同的眼睛。夏冬青再也找不到从前那间作为灵魂驿站的便利店，那间便利店仿佛从未在世间存在过。无论是现实中的人，还是他能看见的鬼魂，都没人认识叫王小娅的大学女生，也没人见过叫赵吏的灵魂摆渡人。不过，赵吏临别时说的“当月亮变成红色的时候，我会回来找你”这句话，始终留在夏冬青的耳畔。等到月亮真的变成红色的那一天，赵吏没有如约回来，王小娅却出现在了夏冬青面前，只是她的身份已经变成了九天玄女。与此同时，赵吏身受重伤、神志不清，正躺在一间精神病院里。九天玄女和夏冬青联手，救出了被邪灵禁锢的赵吏，三人再次汇合。之后，赵吏在海边买了一幢别墅，于是一段融合着欢笑与泪水的奇异之旅再次开启。旅途中，他们遇见了拥有天女血统的神秘少女，遇见了失足坠楼的建筑民工，遇见了为写畅销书而沉迷毒药的作家，遇见了追寻前世姻缘的痴情女子，还遇见了寄托着亡者思念的南海人鱼。而邪恶的影子也始终在他们身边时隐时现——日本怨灵一直潜伏在中国境内，对神州大地虎视眈眈。在善恶模糊难辨、正邪激烈交战的时刻，唯有修养一颗善心，才能破除千百种邪恶。
该剧的故事里，编剧融入天界神话、民间传说及历史故事，让剧情更立体。观众能看到白素贞、聂小倩等熟悉角色重现，结合编剧制造逆转的写法，怀旧与创新的结合为剧集增添不少看点。
该剧拍摄场地取景于山东海阳。导演巨兴茂介绍，之所以选择在海阳拍摄这部剧，主要就是看好海阳的风土人情和优美环境，希望通过这部充分反映海阳时尚风貌的戏，能让更多人了解海阳这座美丽的海滨小城。
截至2015年11月3日，该剧在爱奇艺站内总播放量突破1亿；截至2015年11月19日，该剧在爱奇艺站内总播放量突破5亿；截至2015年11月23日，该剧在爱奇艺站内总播放量突破6亿；12月9日，该剧在爱奇艺站内总播放量突破8亿。2015年12月21日，该剧在爱奇艺站内总播放量突破10亿。
披着惊悚外衣的《灵魂摆渡》系列，在《灵魂摆渡2》中开始鲜明地突出自我，与《灵魂摆渡1》中444号便利店的固定场景、流动的单元剧集不同，第二季风格多变、有古有今，惊喜不断（网易娱乐 评）。
《灵魂摆渡2》之所以能够取得如此傲人的成绩，一方面源于该剧借鬼说人事的特点能够迅速吸引网民关注，赢得众多粉丝。另一方面得益于其作为网络原创IP，它的互联网因素符合线上观众的口味，《灵魂摆渡2》在延续第一季温情故事的同时，加入众多二次元化元素，灵异悬疑混搭二次元，使该剧极具网感，为观众所喜爱（《齐鲁晚报》 评）。