清华海峡研究院是由厦门市人民政府、北京清华大学及台湾清华大学校友会三方于2014年11月20日签署协议共同发起筹建，2015年4月17日正式揭牌成立的地方科研机构，按企业方式运作的事业单位，是清华大学继深圳、北京、河北、浙江之后与地方共建的第五个地方研究院。该院旨在整合两岸科技、教育和产业资源，服务于海峡西岸经济区和“一带一路”核心区建设，定位为清华大学技术转移转化服务平台，致力于构建‘政产学研金’融合的科技创新生态。

2014年11月20日，厦门市、北京清华大学及台湾清华大学校友会三方签署筹建协议，推动研究院落地。2015年4月17日，研究院正式揭牌，首批设立电子商务、空间信息、人工智能三个研究中心。其定位为清华大学技术转移转化服务平台，致力于构建‘政产学研金’融合的科技创新生态。

2021年11月，台湾相关部门以“违反两岸条例”为由，对研究院新竹办公室处以罚款并责令停运。国台办回应称此举阻碍两岸正常交流。