海南农垦自然资源开发运营有限公司成立于2019年3月8日，是海南省农垦投资控股集团有限公司全资控股的二级子公司。公司聚焦海南农垦自然资源开发运营，业务涵盖土地整治、矿产资源开发、耕地指标交易等领域。2023年1月17日，该公司更名为“海南农垦自然资源开发集团有限公司”，但仍承担原主体职能。截至2023年，公司注册资本3.4亿元，总资产40.44亿元。

海南农垦自然资源开发运营有限公司于2019年3月8日注册成立，初始注册资本1.64亿元，后变更为3.4亿元。2023年1月17日，公司更名为“海南农垦自然资源开发集团有限公司”，但仍承担垦区自然资源开发运营核心职能。

公司业务范围包括：

2019年6月，公司赴中坤农场公司考察页岩矿开发，计划利用晨星矿区优质页岩资源生产环保砖。2022年12月，公司通过海南省补充耕地指标交易系统成功出让耕地指标，推动省内耕地占补平衡。

截至2021年，公司高管团队包括董事长张志坚、总经理尧德明、副总经理桂一文、董事李志郁等。公司下设自然资源业务部、综合管理部等部门，并对外投资多家子公司，如海垦润丰(屯昌)新型环保建材有限公司。

2023年公司总资产达40.44亿元，营业收入7429.98万元。截至2024年，公司注册资本与实缴资本均为3.4亿元，保持开业状态。