次生代谢是生物体在长期进化过程中形成的适应性机制，通过非必需物质的生物合成与储存实现环境适应。其产物具有种属特异性、化学结构多样性（如萜类、生物碱、酚类）和代谢途径独立性三大特征，在植物抵御病虫害、响应干旱高温等胁迫中起关键作用。该过程通过莽草酸途径、苯丙烷途径等分支化的酶促反应生成产物，并受基因调控与环境因子双重影响。次生代谢产物作为重要的活性成分，直接应用于青蒿素、紫杉醇等药品开发，以及生物农药、天然色素等工业领域。

次生代谢产物根据化学结构分为三大类群：

微生物次生代谢产物则包括抗生素（如青霉素）、毒素（如黄曲霉毒素）及生物碱（如麦角胺）等。

次级代谢通过初生代谢产物延伸形成独立分支：

次生代谢受多维度调控：

次生代谢产物在人类生产活动中发挥核心作用：