横琴粤澳深度合作区管理机构于2021年9月17日正式揭牌成立，是中共中央、国务院为推进琴澳一体化发展而设立的粤澳共商共建共管共享的社会团体。该机构包括管理委员会和执行委员会，其中执委会主任由澳门特区政府经济财政司司长李伟农担任。成立三年来，其推动澳资企业增至超6500家，实施“双15%”税收优惠、分线管理等政策，并建成澳门青年创业谷等创新载体。横琴口岸通关效率提升43%，进出境车辆超508万辆次。

横琴粤澳深度合作区管理机构是落实《横琴粤澳深度合作区建设总体方案》的核心载体，旨在构建促进澳门经济适度多元发展的新平台、便利澳门居民生活就业的新空间。其揭牌标志着粤澳合作开发横琴进入全面实施阶段。

组织架构：实行“管委会+执委会”模式，管委会下设执委会负责具体事务。

领导构成：执委会主任由澳门特区政府经济财政司司长李伟农担任，强化粤澳共管特色。

企业集聚：合作区澳资企业达6506家。

产业协同：重点支持中医药、科技创新等“四新”产业，建设澳门青年创业谷等载体。

澳门新街坊：2023年建成，提供住房及教育配套，便利澳门居民生活。

口岸升级：推行“粤澳联合一站式”通关系统，车辆验放效率提升43%。横琴口岸进出境车辆超508万辆次。

合作区计划推动40余项规则衔接清单，完善《横琴粤澳深度合作区发展促进条例》等法规框架，目标到2024年形成琴澳一体化发展格局。