杨启樵是旅日清史研究领域的代表性学者，曾执教于日本国立广岛大学文学部和姬路独协大学。其学术研究以清代政治制度史为核心，尤以雍正朝密折制度研究成果最为突出。1970年代起，他多次赴台湾故宫博物院系统查阅两万余件康雍两朝密折档案，基于原始档案考证完成了《雍正帝及其密折制度研究》等代表作。该著作通过比对朱批原档与刊行本的差异，提出雍正帝通过密折制度强化皇权的运作机制，并推动了学界对雍正历史形象的重新评估。

通过系统比对台北故宫博物院藏朱批原档与清史馆刊行本，杨启樵发现雍正帝存在选择性删改朱批的现象。例如在高其倬奏折中刻意抹去官员姓名，揭示出雍正操纵历史记录的统治策略。其主要学术突破包括：

《雍正帝及其密折制度研究》自1981年初版后引发学界持续关注，至2014年已七次再版。日本汉学权威宫崎市定曾为其研究作学术背书，中国社科院学者冯尔康在《雍正传》中多次引用其考证结论。该著作推动形成三大共识：

专攻明清史，代表作有《雍正帝及其密摺制度研究》《明清史抉奥》等。