昆明综合保税区于2016年2月经国务院批复设立，规划总面积2平方公里，分为经开片区（0.58平方公里）和空港片区（1.42平方公里）。作为云南省首个综合保税区，其整合保税加工、物流、贸易及跨境电商服务功能，形成“2+1+N”产业体系，重点发展航空服务、保税检测等业态。该区2017年5月通过国家验收并封关运行，进出口总额从2017年的5760万元增长至2021年的77.33亿元，2025年前三季度达57.41亿元，全国排名跃升至第96位。

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作为海关特殊监管区域境内关外：

经开片区位于国家级经济技术开发区，临近昆磨高速，重点发展保税检测和跨境电商，建有15万平方米标准化厂房及菜鸟（云南）保税中心仓。空港片区毗邻长水国际机场，规划发展航材物流与临空服务产业。

保税加工+保税物流：

截至2025年9月末，区内经营主体超200家，其中新设企业占比超10%。

在全国首创三项改革举措：

2017-2021年外贸总额增长133倍，2022年1-7月进出口额达64.03亿元。2025年前三季度进出口额达57.41亿元，同比增长148.1%，增速分别领先全省及全市140和130.5个百分点，全国综合保税区排名跃升至第96位。2024年跨境电商单量突破500万单，2025年前三季度实现交易额超3亿元、单量逾500万单，服务覆盖缅甸、老挝等6国。保税加工贸易占据主导地位，2025年前三季度进出口超30亿元（占比近六成），其中云南黄金国际标准金加工项目实现原料保税进口、成品出口的规模化运作，贵研黄金新材料项目完成建设验厂并启动原料储备。通过关地协同机制，与滇中海关共建11项合作事项，推动中老铁路货运量提升38%。截至2025年9月，区内经营主体突破200家，超七成企业保持增长态势，新设企业占比超过10%。累计形成21项制度创新成果，其中3项获海关总署备案。