日本体育协会成立于1911年，作为日本境内综合性体育团体，负责统筹业余体育事务发展。该协会通过举办国民体育大会、培养社会体育指导员等方式推动全民体育参与，并与文部科学省建立监管协作关系。在青少年体育领域，协会下设初高中体育联盟，主导覆盖全国的学校体育社团管理及赛事体系构建。其职能范围还包括通过补助金支持单项协会运作，协调跨区域体育资源整合。

文部省实施棒球管制令，限制学生跨区域竞技活动。1945年后调整方针，推动竞技运动奖励政策并重启全国性赛事。1948年参与制定全国大赛次数限制政策以优化资源分配。

1954年主导放宽初中生参赛权限改革，助力奥运选手选拔机制完善。1969年联合日本高等学校体育联盟等机构成立青少年运动竞技中央联络协议会。1979年推动全国赛事审批制度改革，取消协议会前置审批要求。

作为文部科学省监管下的伞型组织，下设初中体育联盟与高中体育联盟两大分支机构，涵盖47个都道府县协会及50余个单项体育团体。2024年数据显示，通过补助金机制维持与羽毛球协会等专项组织的资金支持关系，年度单项补助金额达1.1亿日元。

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日本体育协会理事不老浩二明确阐述了协会的核心职能与运作机制：日本体育协会作为全国性综合体育团体，由文部科学省直接管辖，通过制定以‘健康体育’为导向的课程体系覆盖中小学体育教育，并要求完成课程作为学生体育活动的最低标准。协会下设初中体育联盟和高中体育联盟（统称‘两大联盟’），覆盖日本所有初高中学校，截至2012年统计数据，初中生加入比例达64.48%（男生75.47%、女生52.98%）。两大联盟管理约20个体育单项小联盟，以学生体育社团为基础单位开展课后强化训练，并负责组织从校级到全国级的体育赛事，如动漫作品中常见的‘全国大赛’原型便源于此体系。协会还联动下属50余个单项体育组织定期举办青少年赛事，形成阶梯式选拔机制（学校→都道府县→地区→全国）。不老浩二强调，尽管协会承担顶级运动员培养任务，但核心目标仍是扩大全国体育人口尤其是青少年参与率，且体育训练与学校教育深度融合，学生可通过文化课成绩升学并进入社会。

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退役运动员保障方面，通过成员协会提供职业过渡路径，如羽毛球运动员可转入企业俱乐部或专项协会任职。与媒体合作方面，主导校园体育赛事转播权管理，推动竞技体育文化传播。