新疆医科大学儿科学院是新疆医科大学下属二级学院，前身为1956年成立的儿科学教研室，2016年4月正式挂牌成立。学院是新疆唯一招收本科儿科学专业及培养儿科博士生的单位，同时作为硕士生培养重点单位和全疆儿科博士及硕士主要培养单位，被誉为新疆儿科高层人才的摇篮。现有在校学生792人（博士12人、硕士115人、本科665人），师资队伍97人含博士研究生导师9人。
学院现有教师队伍共计97人，其中教授4人,副教授11人,讲师23人；博士研究生学历11人，硕士研究生学历83人；博士研究生导师9人，硕士研究生导师32人；享受
国务院特殊津贴专家1人。
新疆医科大学儿科学院前身建于1956年的新疆医科大学儿科学教研室，1986年成为硕士生学位点，2009年开始招收博士生，2010年4月成立临床医学院儿科学系，2011年成为博士一级学科（涵盖）学位点， 2016年4月在原临床医学院儿科学系的基础上正式挂牌成立“新疆医科大学儿科学院”。2016年9月起招收临床医学“5+3”一体化（儿科学方向）专业学生；2018年9月招收儿科学本科（五年制）学生。
学院近五年承担国家自然科学基金6项，自治区自然科学基金9项，参与国家多中心临床研究13项。发表SCI论文18篇，中华系列期刊论文30余篇，校级优秀教学成果1项，出版教材9部，教改课题10余项，教改论文20余篇，大学生创新创业项目立项8项，研究生创新创业项目立项3项，新疆唯一临床类儿童血液病诊疗工程技术研究中心、自治区新疆天山创新团队项目1个、拥有一支儿童恶性肿瘤及重大疾病诊疗创新团队。