抚州府始设于明洪武元年（1368年），由
抚州路改制而来。明代初期辖
临川、
崇仁、
宜黄、金溪、乐安五县，正德七年（1512年）增置
东乡县。清顺治二年（1645年）隶属江西省湖东道，雍正九年（1731年）改属南抚建道。
明洪武元年正月改抚州路为抚州府，成为
江西行省十三府之一。
清代沿袭明代政区设置，顺治二年（1645年）划归江西省湖东道管辖，雍正九年（1731年）随道制调整改隶南抚建道。
1616年葡萄牙传教士罗如望在
南城县北部乡村建立传教据点，此为天主教正式传入抚州府境的标志。1630-1635年间在南城建造的简易天主堂，成为赣东地区早期宗教建筑。
清代宗教事务管理中，抚州府与建昌府共同划入赣北教区（1879年设），1885年调整为余江教区管辖范围。1688年南城县人万其渊成为江西省首位本土铎品神父，其传教活动主要集中在抚州府境内。
临川县作为附郭县，承担府衙驻地职能。明代南城县在洪武初年属抚州府，成为府境东北部行政中心。1912年
宜黄县教堂建设时，该县仍沿用明清时期抚州府属县的行政归属。
民国元年（1912年）全国废府政令实施后，原辖十一县改为省直辖。但直至1928年宗教区划调整时，天主教事务管理仍参照原抚州府辖区划分，显示旧有行政格局对后世的影响持续二十余年。