扎曲是黄河源头三大支流之一，与约古宗列曲、卡日曲共同构成黄河源头水系体系。该河流发源于青海省巴颜喀拉山脉查哈西拉山南麓，河道全长70千米，呈现北部发源、南部汇流的走向特征。受地理条件限制，扎曲具有河道狭窄、支流稀少的水系特点，水量受季节性影响显著，全年大部分时间处于断流状态。

扎曲位于青藏高原东北部巴颜喀拉山脉北侧，居于黄河源头最北端。其发源地查哈西拉山海拔超过4800米，冰川融水与地下泉眼构成主要水源，源头区域呈现高山草甸与冻土地貌特征。河道自北向南穿行16公里后进入星宿海湿地，最终与其他支流在措日尕则山附近的牛头碑处交汇形成玛曲。

扎曲具有典型的高原内陆河流特性，年平均径流量不足1立方米/秒。受降水集中季节影响，该河仅在6-9月形成间断性径流，其余时间河道干涸。20世纪90年代因生态恶化，断流现象加剧，2015年后随着生态治理工程实施，水源补给能力有所恢复。

2016年三江源国家公园设立后，扎曲流域被划入核心保护区。通过实施历史遗留砂石料场修复、湿地保护等项目，截至2022年流域内草地覆盖度提升至56.3%，周边湖泊面积较2015年增加超过100平方公里。当地建立'一户一岗'管护机制，3142名生态管护员参与流域治理，形成牧民参与保护的可持续发展模式。

扎曲所在的黄河源园区面积达3.17万平方公里，涵盖扎陵湖、鄂陵湖等大型淡水湖泊。该区域平均海拔4200米，属高原大陆性气候，年平均气温-4℃。流域内发育典型的高寒草甸生态系统，是藏野驴、藏原羚等珍稀物种的重要栖息地。