微生物菌剂是以有益微生物及其代谢产物为原料制成的活体制剂，主要由草炭、蛭石等多孔材料吸附菌体发酵液加工而成，包含抗重茬菌剂、乳酸杆菌等类型，按剂型分为液体、粉剂和颗粒型。其有效菌通过分泌赤霉素、细胞分裂素等活性物质促进作物生长，分解土壤有机质生成腐殖酸减少氮肥流失，并改善土壤团粒结构和保水保肥能力。应用于农业、环保、医药和工业领域。施用标准包含作底肥每亩4kg、追肥1-2kg等方法。部分产品曾因菌剂含量未达标受行政处罚。

2020年起依托国家重点研发计划项目开展紫花苜蓿和燕麦微生物肥料田间试验，苜蓿根际接种菌剂可减少化肥用量20%-40%，燕麦微生物复合接种剂显著提高产量并减少化肥依赖。南开大学团队研发的大豆增产抗逆人工微生物菌剂实现盐碱地种植增产20%-50%，土壤有机质含量提升3%-5%。中奥合作研究验证微生物菌剂通过调控根际微生物群落促进玉米生长，河北省旱碱麦种植示范区应用后增产超20%。

康欣生物科技公司利用微生物菌剂治理姜瘟病、柑橘黄龙病及水体污染，其中贝莱斯菌剂对姜瘟病防治有效率达90%。亚盛农服公司荣获2025年度农民心目中的好品牌（特肥组）称号，联合中科院成都微生物研究所等机构开发6款微生物菌剂及复合微生物肥，建成1000余亩试验示范基地，测产显示产品单产、总产和品质获广泛好评，并完成7项新特肥料登记证和商标注册，奠定在新特肥料行业的全业态优势。

截至2025年该团队研发的固体、液体及包衣微生物肥料已在甘青宁蒙四省区推广136.89万亩，产生经济效益29.18亿元，其中针对高寒干旱区开发的菌剂与沙质土、栗钙土等西北土壤类型形成专项适配方案。相关技术于2017年、2022年两次获得甘肃省科技进步奖

按剂型可分为：液体、粉剂、颗粒型；

按内含的微生物种类或功能特性可分为：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。

按照复合方式分为：微生物菌剂和复合微生物菌剂

1、提高产量。实践及最新应用表明，微生物菌剂特定的肥料效应不仅为农作物提供营养元素，其有效菌通过分泌赤霉素等活性物质直接促进作物生长，如周麦36品种配合新型菌剂使用后创下亩产1601.5斤的纪录。在国家牧草产业技术体系金昌试验站，燕麦根际微生物复合接种剂已实现显著增产效果。

2、改善品质。微生物菌剂能改善农产品品质，施用后蛋白质、糖分、维生素、氨基酸等有益成份含量明显提高，籽粒、果实丰满光滑，蔬菜果品色泽亮丽。部分产品可减少硝酸盐积累，提高农产品安全性。

3、增强作物的抗逆性能。微生物菌剂中的有效菌具有分泌抗生素类物质和多种活性酶的功能，能抑制或杀死致病菌，降低病害发生及增强作物的抗逆性。

4、提高化肥利用率。有效菌分解土壤有机质生成腐殖酸，减少氮肥流失。解钾溶磷有效菌能将土壤中固化的化学钾肥、化学磷肥分解转化为速效钾、速效磷，提高其利用率。例如姚拓团队在苜蓿根际接种微生物菌剂减少化肥用量20%-40%，燕麦根际微生物复合接种剂在增产的同时减少化肥使用。

5、改善土壤养分。有效菌分泌的胞外多糖物质是土壤团粒结构的粘合剂，能够增强土壤团粒结构，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有机质，活化土壤中的潜在养分。

一、 作底肥：每亩用量4kg，耕地时均匀撒施。

二、 作追肥：每亩用量1-2kg追施。

三、 作滴灌与冲施：取清液配合常规肥料浇灌，残渣作基肥用，可改良土壤。

四、 作种肥：适量拌种，按常规育苗或播种方法使用。