形态种（英文名：morphospecies）指完全或主要基于形态特征建立的物种分类单元，其定义强调个体间形态相似性，但允许种内存在形态变异。

英文：

种内有变异，同一居群内的个体间形态存在变化，有的差异很大，因此对各种形态特征的重要性如何认识没有统一的标准，常有差异，形态种的建立也因人而异。

形态种虽然易于识别，使用方便，但其含义与生物种不同。

由于大多数物种在形态上易于识别和区分，后来的多数分类学家主要以形态特征作为识别和区分物种的依据。近年来有人试图把种的特征数量化，提出数量分类方法，即根据表型相似性或表型距离进行聚类分析，并得出一系列不同等级的聚类群。但把种划在哪个等级上只能人为决定，不同人可以有不同的归类标准，模糊了物种存在的客观性。表型分类法只强调形态的相似性。