广东珠三角城际轨道交通有限公司（外文名：Guangdong Pearl River Delta Intercity Railway co.LTD.）成立于2010年8月25日，是由
广州市人民政府国有资产监督管理委员会、
广州地铁集团有限公司、
广东恒健投资控股有限公司、
广东省铁路建设投资集团有限公司、
广州铁路投资建设集团有限公司、
深圳市地铁集团有限公司共同出资组建的国有控股公司（其中广州市人民政府国有资产监督管理委员会持股42.0435%，广州地铁集团有限公司持股32.4965%），注册地位于广州市海珠区阅江中路688号
保利国际广场北塔24楼，最新办公地址为广州市海珠区新港东路1222号
万胜广场B塔13楼，法定代表人为王颖。公司注册资本8443967.198741万元，实缴资本3550140.747958万元。公司主营业务涵盖城际轨道交通项目的建设管理；城际轨道交通客运、物流及与运营相关的仓储等业务经营；建筑工程施工及管理；轨道交通相关技术咨询、技术服务、技术转让；资产经营；土地开发、房地产开发；物业出租，物业管理；广告设计、发布、代理；销售工程建设物资设备。公司负责
广州东环城际铁路、
琶莲城际铁路等建设项目，在施工中攻克市区线位复杂结构保护技术难题，研发钢套筒盾构接收技术。公司依据2010年铁道部与广东省签署的会议纪要组建，初始注册资本1亿元。2010年9月25日，公司在江门市举行揭牌仪式并启动广东轨道交通车辆修造基地项目。广州东环城际隧道全长约45公里，4次穿越珠江，下穿2条铁路，与10条既有、在建地铁线交叉或邻近，三次下穿运营中的广州地铁八号线，沉降控制达毫米级；琶莲城际盾构隧道在国内首次应用13米级大盾构于复合地层500米极小半径曲线施工。公司研发的钢套筒盾构接收技术依托相关工程的科研课题《珠三角地区复杂条件下盾构掘进风险精细化智能管控技术及应用》获中国安全生产协会安全科学技术奖三等奖，另获2024年广东省市政行业协会科学技术奖特等奖等，并牵头起草全国首个地方自主运营的动车组管理办法——《粤港澳大湾区动车组管理办法（试行）》。2025年3月，原股东中国铁路广州局集团有限公司全面退出，深圳地铁集团新入局，公司股权结构变更，随后广州地铁集团正式承接了珠三角城际轨道（广州都市圈）建设项目及本公司的管理，致力于构建粤港澳大湾区“一张网、一张票、一串城”的公交化运营模式。2024年，公司营业收入6.96亿元，利润总额-27.34亿元，总资产1744.00亿元。公司对外投资1家企业，参与招投标数千次，拥有多项专利、商标及软件著作权。
公司内设9个职能机构，定编268人，分别为：综合部（党群工作部）、
计划财务部、工程技术部、安全质量部、物资设备部、经营开发部、东南指挥部、西北指挥部、运营筹备组。
2010年8月25日，按照铁道部、广东省共同签署《铁道部广东省关于又好又快推进广东铁路建设的会议纪要》的要求，整合部省各方建设资源，由
广州铁路（集团）公司、
广东省铁路建设投资集团有限公司分别作为铁道部、
广东省人民政府的出资者代表，股东双方各出资50%组建成立广东珠三角城际轨道交通有限公司，注册资本1亿元，负责整个
珠三角城际轨道交通网的建设、管理和经营。