自然杂种（外文名：natural hybrid），指野生植物不同种间自然条件下产生的杂种，与人工杂交所产生的杂种相区别。自然杂交现象在被子植物中约占25%的物种比例。
中国科学院昆明植物研究所高连明团队在云南发现由
爆杖花与
糙叶杜鹃杂交形成的新杂种，其杂交后代主要由F2代构成。
大连市露地栽培中发现自然杂种
黄秋葵植株，其嫩茎愈伤组织诱导培养基配方为1/2MS+
2,4-D2.1mg/L+
6-BA0.75mg/L，试管苗移栽成活率达93.9%~97.25%。
自然杂种（天然杂种） 虽然普通对用细胞遗传学的方法产生的杂种必须说它是杂种，但根据性状居于中间的、花粉和孢子不完全的以及不孕等而被估量的推断杂种（putative hybrid）也与一般的杂种同样看待。在命名规则上规定于学名上附以×形记号。